钱谦益肯定了阎应元的判断，说玄武湖给火案还有些不清楚细节，郑三俊遇刺案他已经查到了证人证据，就是东林士子幕后操纵指使的，虽然手法依旧不高明，不过比起当年儿戏一样的梃击案，用的功夫大了许多。如果不是他去松江走了一趟，碰巧破了案，暂时还查不清是谁干的，多半就只能由阮大铖背黑锅了，东林后辈这些人经起前辈还是有些涨进的。
阎应元猜到这幕后主使就是吴昌时，说来南京之前，崇祯就交代要特别关注吴昌时，到了南京，组织围攻阮宅的史槐是吴昌时的门客，还有他派在南京各处监视的锦衣卫校事回报的消息，许多来往联络的可疑人物，也多与吴昌时有关。
钱谦益说眼下关键的事情，就是以刺杀案为突破口，抓捕吴昌时等人，把参与煽动民变，抵抗朝廷战时新政的那些人全部控制赶来，仔细盘问，玄武湖纵火案就不难破获。只要把这些案子办得证据确凿，面对这些证据，东林中人要为和吴昌时往来勾结承担责任，名声大损了。
阎应元同意了计划，钱谦益让阎应元控制住南京城的京营官兵和锦衣卫，防止吴昌时的党羽狗急跳墙，生出意外的事变。把刺杀案和纵火案追查清楚，就可以趁热打铁，整顿江南，更彻底地落实南方的战时新政了。
接下就分头行动，阎应元照旧监控南京城里重点区域和重点人物，钱谦益让士兵带着相关人犯和证人去刑部，陆彦章已经抓了一个阮大铖家的仆人，打出了口供，说就是阮大铖指使干的。南京兵部侍郎傅振商、南京右军都督临淮侯李弘济和南京锦衣卫掌印鲁应魁和几个士子也带着遇刺已经醒过来的郑三俊赶到，这其中就有左光先。
郑三俊认出了那个日本刺客石田介。鲁应魁也说当时在场的也有其他人看见刺客，锦衣卫校尉中曾有人追过刺客，紧追不舍了很长一段距离。刺客最后攀檐蹿壁，到一个废弃已久的商人宅邸院落就不见了。
鲁应魁说他们也奇怪，当时南京的锦衣卫和京营在行刺案件发生以后，对出城的人严加盘查，没有见过与刺客相似的人，还在南京城墙四周也安排了人轮换值夜，防止有人攀墙出城，也没有抓到人。
钱谦益问石田介是怎么混出南京城的。石田介说他进了院落地道后，有蒙面人把他带到一个地方，让他钻进一个轿子的座位下面，后来有女人进了轿子，有人抬轿子出了城，轿子旁边还有骑马的声音，应该是女人的丈夫。
轿子到一个寺庙后，女人和其他人进庙去了。轿子被挪到一个没人的角落，有人在轿子外面踢了一脚，低声说可以走了，他就从轿子下面爬了出来，见到是一颗大树底下，天已经黑了，他趁着周围没人就走了，之后在集镇上买了一匹快马，赶回松江那尼姑庵下面躲藏，打算等风头过了，就拿着报酬出海回日本去。
顺着这个线索查到当天是怀宁侯孙承荫，陪着他的一个小妾当时去城外寺庙上香，守门士兵掀开轿帘看了确实是个年轻女子。接着钱谦益又让锦衣卫校尉把吴昌时和孙承荫也叫来。很快吴昌时、孙承荫还有陈洪范一起被带来。
鲁应魁解释是阎应元这几天已经和他商议过，案情已经猜百八九不离十，阎应元已经把人控制起来等在那里了，他们一过去就把人送过来了。说已经查明孙承荫在刺杀案当晚夹带刺客出城，就是陈洪范授意的，陈洪范和吴昌时有勾结，一问三人就明白了。
孙承荫大嚷自己和刺杀案无关，承认是陈洪范托他往外带人，说是一个家丁父母在城外得了急病，必须出城去看。他收了陈洪范一百两银子，只是怀疑这个人也许在陈洪范手下做了什么犯法的事，没有往深处想。
吴昌时则否认一切指控，问天陈洪范时，却是很干脆地就把吴昌时卖了，说是吴昌时托他把刺客带出城的。还指控吴昌时以前就经常和他联系，送他金钱美女，要他为吴昌时办事。而且还宣称自己对朝廷一向赤胆忠心，早就看出吴昌时心怀不轨，所以假意和他结交，打探出他的脏事以便把他治罪。
还点出吴昌时每次传递纸条都是用字帖里剪下来的字拼凑的，城西秘宅里养的美女用来招待各路达官。他见吴昌时这样鬼鬼祟祟，又用财色贿赂的手段，就知道他是伪君子。吴昌时要他想办法掩护刺客出城，无非是打算万一这刺客被抓，他就全部推到自己头上，让自己做替死鬼。刺客到南京后，吴昌时让他藏在秘宅，用美女招待过他。行刺案后，吴昌时还在那个女子那里留宿过。他早就已经留心取证了，把证据放在了他头上戴的凌云巾里。
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