钱谦益命令把看押的士兵摘下吴昌时的凌云巾拿了过来，摸到顶部有一小片软绵绵微凸不平的东西，用小刀割开，像是一片风干的肉皮，众人一查看，才确定是刺客石田介耳朵上残缺的一部分。郑三俊指认刺客时，就是以石田介耳朵少了一片作为一个特征的。
钱谦益稍微一想就明白了是怎么回事，这耳朵残片应该是一直被石田介贴身收藏，多半是他在日本时被一个有关系的女子咬下来的，也许那个女子死了，他为了纪念这个女子，就把这片耳朵风干，贴身藏在挂饰里，算是一种日本人的怪癖。
到南京时，吴昌时招待石田介的女子，发现了这片耳朵，就乘着石田介不注意偷走或者掉包了。吴昌时事后又见了这个女子并且留宿，这个女子乘吴昌时睡熟后，偷偷把这片耳朵缝进了吴昌时的凌云巾里，吴昌时根本不知道，还顶着这个凌云巾到直走动。这个女子这样做可能是想抓一个吴昌时的把柄在手里，当然最有可能是被陈洪范收买指使这么干的。
陈洪范受了吴昌时委托，帮助刺客出城，也怕万一刺客出城失败被抓，孙承荫把他供出来，他指认是吴昌时委托他的，吴昌时坚决否认，就事先留了一个后手。钱谦益明白了崇祯为什么一定要收拾陈洪范的原因，这家伙果然是极其狡猾奸诈，和吴昌时堪称腹黑一对。
两个人都做好了如果事情败露就把黑锅推给对方，把自己洗得干干净净的准备，只不过从结果看来，还是陈洪范计高一筹，吴昌时太小看陈洪范了，在毫无知觉的情况下被陈洪范算计，首先用证据锁死了吴昌时。
钱谦益拿着这个证据质问吴昌时，吴昌时终于张口结舌，说不出话来。其他人看到这样的情形，也都明白吴昌时确实在撒谎，确实策划了行刺案件，即便没有供词，也足以定案了。郑三俊怒斥吴昌时卑劣，欺骗了他。
钱谦益让其他几个平时和吴昌时交往密切的生员离开了，唯独把崇祯交代要收拾的左光先留了下来。左光先在没有确凿证据前非常卖力地帮吴昌时站队，在钱谦益说阮大铖不是主使，他已经抓到了刺客时，指责钱谦益如果随便找个人来冒充刺客被揭穿，那就声名扫地，成为士林不齿的败类，只怕比阮大铖还不如了，语气充满威胁。
接着更教训钱谦益说如果现在迷途知返，他们念在钱谦益过去和东林的情分上，还可以讲一讲恕道。正邪分明，绝不断混淆。钱谦益要是一念之间，踏错半步，就是人妖殊途。阮大铖当年也曾是东林中人，让钱谦益引以为鉴。
左光先的年龄只比钱谦益大两岁，只是一个举人，论资质、功名都比钱谦益差得远，却摆出这么一副长辈教训后辈的口气，老气横秋地对钱谦益说话，不仅因为是左光斗的弟弟，向来以东林烈属自居，而且也是自视很高，骄狂刚愎的性格。钱谦益当时表面上没什么，心里已经非常恼火，觉得崇祯要找机会收拾他非常正确。
之后郑三俊指认刺客之前，左光先又先后两次暗示，第一次说钱谦益已经和阉党勾结，要是让他得逞，又是一场对东林的灾难，天启年间东林被残害的大祸又会重演。暗示郑三俊如果指认石田介为刺客，会造成对东林极为不利的严重后果。在正式指认之前又暗示郑三俊要看仔细一些，天下难免有形貌相似的人，郑三俊当时又是远观，不要错认了云云，却起了反作用，郑三俊也对一个举人反复暗示教他做事的骄狂态度相当不满，瞪了他一眼，当场指认出了刺客。
钱谦益就以左光先这两条为把柄，说他先是要他迷途之返，否则下场比阮大铖还不如之类，是要挟朝廷命官徇私枉法。郑三俊指认刺客之前说的两段时更是明摆着要郑三俊作伪证。凭这两条，让南直隶提学革除了左光先的举人功名，打了他五十大板，算是完成了崇祯交代的任务。
吴昌时已经定罪的谋划行刺案当然也足够革除功名，继续审问下去，就全部供认了出来。张溥、陈子龙被调去了北京，张采中了进士去外地当县令了以后，原定的复社成立大会声势大降，有些群龙无首。吴昌时野心勃勃，想着做几件事才能众望所归成为复社领袖。
战时新政传到江南，吴昌时就决定在南京制造些大案。给来南京督促新政的官员下马威，煽动士子和市民抄阉党余孽的家宅，让有赞同新政意向的士绅心生畏惧，给也朝廷压力，担心江南陷入动乱，不敢过于强硬。
正好听说阮大铖曾经说过玄武湖黄册烧了反而是好事的言论，就决定先从火烧玄武湖黄册开始，派亲信收买了两个阮大铖的门客，成天请玄武湖上的库吏喝酒赌博，到了指定的日子，给这两个门客一笔钱，隐姓埋名逃往外地，再派人先烧了一间存放黄册的库房。
他的亲信又自作主张，以为烧一间库房不够轰动，效果不够强，就收买了一批水性好的家伙，乘夜晚开船进了岛中，在所有库房上都布下了引火材料，到白天同时点燃，乘着大火起来，人们都陷入慌乱时，把船凿沉，人都跳进水中游回岸边。事后查起来，只要发现阮大铖的门客与众库吏来往结交的情形，就容易把怀疑的矛头指向阮大铖。