朱载坖一方面将盐政的事情交给高拱主持，一方面和九边督抚、大将们商量辎重营的事情。
对于戚继光在蓟镇组建的辎重营，督抚大将们认为最大的问题是费钱，因为戚继光的对于辎重营的设置，更多的是作战，除了运送辎重的大车之外，辎重营还配置了大量的武器，按照戚继光的规划，辎重营装备装备160门佛郎机和640支鸟锐，战力可谓不俗。
当然，给辎重营配置这么多火器，耗费是肯定不菲的，一些不受重视的军镇，一镇都还没有这么多佛郎机呢，拿这么多佛郎机去装备辎重营，显然是不太现实的。
而且也不是所有的辎重营都需要装备这么多的火器。朱载坖在和九边的督抚大将们商量之后，认为三大防区的辎重营完全没有必要装备这么多的武器，因为他们主要承担由防区向军镇的粮秣输送，相对还是比较安全的，同时军镇所需要的粮秣数量也是非常之巨大的，数十辆的车辆显然是太少了。
按照戚继光的这个配置，一次仅能够运送一千石的粮秣，这显然与九边军镇所需相差太大，所以朱载坖在和督抚大将们商量之后，决定将辎重营变为两种编制。
第一种就是九边三大防区下辖的辎重营，它由总督和提督直接指挥，负责将防区的物资向军镇转运，显然不需要配置大量的武器，尤其是火器，反而应该是提高运输能力，加强防区对军镇的补给能力，所以大辎重营并不配置佛郎机和火铳，而是增加辎重车的数量，由八十辆增加到四百辆，人数也增加到了二千人，每次可以运输五千石的粮秣。
在具体的设置情况上，蓟镇防区配置两个，主要负责由京通仓直接向蓟镇三屯营转运粮秣，辽东仍旧主要是以海运为主，同时未来辽东得以开发的话，也将会是大明的粮仓，所以朱载坖并不担心辽东的粮秣问题。
而重要的是宣大山西和陕西三边，宣大山西时因为驻军众多，而且战马、骑兵多，需要消耗大量的粮秣，所以朱载坖决定配置四个大辎重营，三个辎重营用于固定补给宣府、大同、山西三镇，另一个辎重营作为预备队和临时应急的使用。
而陕西三边则是路途漫长，地形崎岖不平，所以必须要配置更多的辎重营，陕西三边防区，一共要配置五个辎重营，四个辎重营用于固定补给宁夏、固原、延绥、甘肃四镇，另外一个辎重营用于机动，同时每一个辎重营配备的车辆也比其他的两个防区更多，每个辎重营配置了五百辆重车。
除了三大防区的辎重营之外，各个边镇也要组建自己的辎重营，边镇的运输量没有那么大，但是危险性要高出不少，所以要适当配置武器，起码要有自保的能力，所以经过朱载坖和边镇大将们的商量，边镇的辎重营每营一千五百人，装备大车二百辆。
至于每个边镇应该配置几个辎重营，朱载坖将此事放权给了九边的督抚和提督总兵们，他们根据自己边镇的具体情况，确定应该编设几个辎重营，上报朝廷，由朝廷批复就行。
除了辎重营之外，朱载坖比较关注的还有道路和车辆问题，现在的辎重车载重实在是太少了，朱载坖要求严世蕃带领文思院，研制载重更大、更轻便的辎重车，用于官军使用，同时就是道路问题了，大明对于道路，一向不怎么重视，但是朱载坖很清楚，这些道路就是边镇的血管，必须要重视。