就在奎托斯与众多泰坦巨人爬上奥林匹斯山的时候，神殿中以宙斯为首的众神也在关注着这一切。
太阳神赫利俄斯率先应战，之后神使赫尔墨斯、冥王哈迪斯以及海神波塞冬相继出战。
奎托斯第一个就要面对骑着海马巨大化身躯的海皇波塞冬，在与盖亚的完美配合下奎托斯将其杀死。波塞冬的死引起了大海啸，整个世界沦为汪洋大海，只有生活在奥林匹斯山上的仆役们得以幸免。
奎托斯借着盖亚的身体顺利的来到了宙斯的宫殿，强大的宙斯只用了一招就把盖亚与奎托斯打下了山。即便是使用了奥林匹斯之剑，奎托斯依然无法在不断晃动的盖亚背上稳定下来。
盖亚警告奎托斯说他只是泰坦的马前卒，如今泰坦族已经安然无恙的抵达了这个时代，就是到了丢卒保帅的时候了。
被盖亚背叛后失去奥林匹斯神剑的奎托斯径直掉落到了“冥河”，被水鬼咬得精疲力竭的他在此遇到了雅典娜的灵魂。雅典娜指出了战胜宙斯的唯一方法，就是找到并且摧毁宙斯力量的来源“奥林匹斯圣火”。只有这样才能彻底的铲除奥林匹斯的统治。
在烧死庇里托俄斯找到了阿波罗弓后，奎托斯穿过了冥界三巨头的地狱审判间见到了火神赫菲斯托斯，从火神处得知了潘多拉的消息。一路来到哈迪斯的宫殿，在与冥王恶斗数十回合后奎托斯将勾魂刃夺了过来，最终借此武器把哈迪斯的灵魂拉出体外，终结了冥王的生命！哈迪斯裂开的大脑里面涌现出无数的魂魄，整个地底冥界陷入了无秩序的混乱当中。
从地狱又回到奥林匹斯山的奎托斯遇上了之前抛弃了自己的盖亚，奎托斯以其人之道还之，将其毫不留情地击落奥林匹斯山。与此同时太阳神赫利俄斯与泰坦伯尔修斯激斗正酣，奎托斯从中渔利击败了赫利俄斯，并扯下了其头颅作为照明道具。赫利俄斯死后，乌云遮住了太阳，暴雨倾盆而下，世界陷入黑暗。
奎托斯再次遇到了小女孩的感灵，原来她就是潘多拉，希望奎托斯帮助解救自己。一直往上前进碰到了神使赫尔墨斯，在一顿挑衅之后赫耳墨斯顺着制衡之链跑了上去，奎托斯紧跟其后，来到了奥林匹斯圣火面前。当他正要去碰圣火中的潘多拉魔盒时，雅典娜阻止他，并告知有股更强大的力量在盒子里。随后奎托斯将再次出现的赫尔墨斯杀死，夺取了他的神靴。赫耳墨斯的尸体化成了无数的蝗虫，呼啸着肆虐在整个奥林匹斯山上，生活在奥林匹斯山上而得以幸免的仆役们也开始感染了疾病。
奎托斯在神殿广场上遇到了天后赫拉和大力神海格力斯，一场大战在所难免。最终奎托斯抢过大力神的拳套将其头骨打碎。奎托斯得知潘多拉是唯一能够熄灭奥林匹斯圣火的人，而现在她被困在了代达罗斯设计的迷宫中。
一翻冒险后，奎托斯遇上了泰坦巨人克洛诺斯。在奎托斯从潘多拉神庙中获得了魔盒之后，深感恐惧的宙斯将自己的父亲又放逐到了塔耳塔洛斯深渊，如今克洛诺斯终于等到了复仇的机会。经历各种方法将其消灭后，奎托斯将火神所需素材带回给他，火神担心奎托斯会因此带他女儿潘多拉去打开奥林匹斯圣火从而使潘多拉丧命，乘奎托斯去取他为其锻造的武器时偷袭，却反被奎托斯用铁链杀死，但他奋不顾身为了保护女儿的心情想必奎托斯也是感同身受吧。
一路奔波后终于找到了潘多拉。奎托斯带着她来到圣火前又遇上了父亲宙斯。最终潘多拉用身体熄灭了圣火，但是奎托斯打开盒子后发现是空的。在宙斯的挑衅下奎托斯开始了与父亲真正的对决。这时盖亚也赶到了，奎托斯与宙斯二人从宫殿一直打到盖亚的体内。奎托斯用奥林匹斯剑刺入了宙斯的身体，连带着也将盖亚的心脏一并刺穿，泰坦巨人之首的盖亚随之灰飞烟灭。
勉强爬起来的奎托斯被宙斯的灵魂抓住，陷入黑暗深渊的奎托斯通过重重障碍终于清醒过来，用自己的力量将宙斯真正击倒。众神之神宙斯就这样死去，世界在失去众神后陷入了崩溃。
雅典娜再次出现，她告诉奎托斯之所以能打败宙斯是因为潘多拉魔盒中“希望”的力量。原来以前奎托斯与阿瑞斯的战斗中所打开的潘多拉魔盒，里面释放出的“恐惧”力量正好进入了宙斯的体内，这也是宙斯后来为什么变得凶恶的原因。雅典娜说自己在魔盒中存放的“希望”力量就在奎托斯体内，并想取回这股力量重新提升自己对神界的统治。