秦甘露七年（365年）初，因为关中有震感传来，苻坚宣布大赦并改年号为建元。
三月，燕太宰慕容恪、吴王慕容垂攻克洛阳，暂时取得对中原的控制权，继而以慕容筑为洛州刺史镇守金墉城，慕容垂领兵前往鲁阳坐镇荆州方向，慕容恪则向西进据崤谷、渑池，关中为之惊恐，苻坚亲自率军前往陕城防备。
而在正月，叛代的刘卫辰再次降秦，可到了七月，又与曹毂叛秦。
其实早在四年前（361年），因割据野王的吕护在燕、晋之间来回倒戈，双方围绕洛阳在中原展开连绵战事。而同一时期，刘卫辰亦是在秦、代之间反覆无常，早先他在杀死侄子自立为匈奴铁弗部首领后降秦，又因与秦国的边境摩擦，在求娶代王拓跋什翼犍之女后叛秦附代。
秦国西面是张氏凉国、白马氐杨氏建立的仇池国、西迁的鲜卑慕容部建立的吐谷浑，北边是鲜卑索头（因编发习俗得名）部首领拓跋猗卢建立的代国，东部是慕容氏鲜卑首领慕容皝建立的燕国，南方是永嘉南渡后定都建康的晋国。就这么个被敌对势力四面环绕的态势，别说没事都要时刻戒备，碰上燕军大举进入河南，朔方一带又发生叛乱，不早做准备的话肯定做不到迅速动员军队做出反应。
秦建元元年（365年）八月，曹毂、刘卫辰叛乱后仅一月，亲征的苻坚便在同官川击败拥众两万余越杏城南侵的曹毂，又迫其投降并迁徙部众六千余户安置到长安，刘卫辰也在木根山被前去讨伐的邓羌生擒。
长安附近本有大量中军驻扎，但在增兵秦、燕边境以及苻坚亲征后，兵力已抽调过半。而击败曹毂、刘卫辰后，苻坚又在九月率军巡行朔方以威慑诸胡，于是苻生幼弟征北将军、淮南公苻幼率杏城镇兵于十月趁机袭击长安，却被留守的护军将军李威击败后杀死，而辅佐太子苻宏留守的还有王猛，苻坚更时常告诫苻宏：“汝事王公，如事我也”。十一月，苻坚还师长安，封曹毂为雁门公、刘卫辰为夏阳公，仍命二人各自统领原来的部落。
而在苻幼反叛之前，苻生七弟汝南公苻腾已于秦甘露六年（364年）谋反被诛。苻坚夺位后，没有立即对苻生诸弟进行削弱，因为不论是登位前，还是在登位后，苻坚本人的志向都不局限于割据关中和统合北方，他的目标一直是混一天下。
基于这个目标，作为秦国核心统治力量的氐人人口却太少太少，胡汉对立的情形也不是一朝一夕就能扭转的，在达成融合之前苻坚所能依赖的只有氐人。一旦下令全面清除异己，那么势必在苻氏内部株连一大批人，所以苻坚不仅拒绝了王猛除去苻生诸弟中手握重兵者的建议，在叛乱平定后的处置上也相当克制。
但事态的发展并未如苻坚所愿，登位后他虽然重用王猛，但两人在施政理念上却是略有分歧的。王猛主张以重典治乱先恢复秩序，再革新制度从根源整治，作为施德政的前提条件，苻坚则是以身作则，减膳撤乐号召群臣节俭与民共休戚，由上至下缓缓改革。
事实很快证明，苻坚的举措不过是一厢情愿，一个国家法度不立、吏治腐败，他所施行的仁政根本落实不到百姓头上。于是以枋头西归之人聚集的长安西北门户始平县为起始，王猛明法严刑，剪除不法豪强和与之勾结的奸吏，又革新官吏考核制度作为督促。