满城内的清兵，大部分是旗兵，还有小半壮勇，此时已没有退路，在江宁将军祥厚的率领下，负隅顽抗，拼命死战。加上祥厚、副都统霍隆武督兵严格，防守得当，太平军一时间竟然攻不下满城。
而满城原是明代修建的皇城，宽阔雄伟，城高墙厚，易守难攻。加上满城总兵力有八千余清军，旗兵就有近四千，加上几千壮勇，和住在满城内的旗人，生丝存亡之际，都爆发出巨大的斗志。都统霍隆武甚至逼着将满族妇女和老人儿童也拉上城头守城。
杨秀清见只差满城一处未攻克，恼怒的同时，又心痒痒，只要占领这满城，便能全占了江宁城。而且，满城里的财富，想必是最多的！当即，他命令将满城团团包围，同时进攻。
次日，在猛烈炮火的掩护下，太平军从各个方向同时展开强攻。
秦日纲、胡以晄、曾水源、朱锡琨等同率太平军连续发动三次进攻，都被八旗兵击退，太平军踏尸而上，前仆后继。双方伤亡都十分惨重，战斗激烈程度远远超过江宁外城的攻防战。
激烈的战斗，让双方都死伤惨重！
满城城头上的八旗兵战死上千人，超过城内旗兵的三分之一，旗人妇女儿童，更是死伤千余。
而太平军由于不惜代价地强攻，也是遭遇有史以来最大的惨重损失，阵亡居然达到三千余人，还有近二千人受伤。
杨秀清也被满城里的旗兵凶猛的斗志和战力所震惊，但他当然不会承认自己下令强攻的错误。
借口体恤将士们连日奋战的辛苦，杨秀清命令主攻的四军将士暂时休整。
他调来翼王石达开的左军和北王韦昌辉的右军，让他们二军继续猛烈进攻满城。
憋着劲的翼王左军和北王右军，不知旗兵底细，一齐而上，顿时又是一场惨烈的杀戮，双方仿佛是交换性命一般，相互收割着对方的首级。
满城内的旗兵，情知城破后必然惨死，是以个个奋不顾身，竟然爆发出巨大战力。不到二个时辰，北王的右军便死伤上千人，北王恼羞成怒，又迫于东王之命，将自己的最能打仗的弟弟韦俊也派出。而石达开也是暗自憋着一口气，将自己几个堂兄弟也全部押上，督军奋战，这样一来，连番作战的满城守城旗兵和壮勇，自然吃不消，连番败退，眼见就要攻下城来。
杨秀清命令鸣金收兵。石达开和韦昌辉暗自愤怒不已，情知东王眼见胜券在握，又要搞小动作，但太平军等级森严，便是北王翼王，亦不敢违背东王的军令。他们只得悻悻收兵。
不过，这回，倒也不能怪杨秀清搞手段。而是他发现了满城内的旗兵，都非常疲倦，都是强忍着支撑在战斗。因此，他宣布收兵，让城内的清军松懈下来休息。
他知道，人在高度劳累之后，若是硬逼着，却还能坚持，但一旦松懈下来，想在绷紧，便不成了。
杨秀清又命人在城外架设高台大喊，说是准许旗人投降，投降不但不杀，还放其离开江宁城。旗兵见到有活下去的希望，顿时纷纷不想再继续作战，精神和斗志一下子，全部松懈下来。
杨秀清命令满清内的壮勇开城门投降，并许诺金银和高官，一时间，城内的壮勇心动不已。
江宁将军祥厚和副都统霍隆武眼见情势不妙，命令旗兵将蠢蠢欲动的数十名壮勇斩杀，但这样一来，却让其余的壮勇更是四散奔逃。
城外的杨秀清得知满城内情况后，立即重新组织已经休息好的秦日纲、胡以晄、曾水源、朱锡琨等率军继续猛攻。
满城内的旗兵好多都连续战斗，没有间歇休息，又连日饭都没吃，已经累得不行，一躺下便睡着不醒，无力再战。其余旗人老人和妇女儿童，均不堪一战，四处溃逃，太平军趁机一举攻破了满城。
江宁将军祥厚，眼见城破，自刎而亡。
副都统霍隆武却率领手下五百精骑兵，想打开城门，冲出包围，但很不幸，正巧碰上正无处发火的翼王左军将士，一番砍杀，五百骑兵在街道上无法冲起速度来，不但没骑兵优势，反而成为靶子，很快被屠戮一空。
霍隆武被上百把长矛戳中身子，千疮百孔，从外面看已经全是矛柄，看不见人。
满城内的旗人和壮勇连忙大开城门投降求饶，但杨秀清和众将士恼怒被旗兵杀死的数千兄弟，随着东王杨秀清的一句冰冷而斩钉截铁的声音：“都屠尽了，不许放走一个。”
很快，满城内剩余的二千旗兵和三千壮勇，全被太平军杀戮一空。其余的普通旗人，包括妇女儿童，四处躲藏，被五万多名太平军将士逐家逐户地搜寻，斩杀。
最后，整个满城内，共计一万四千多名满清旗人，全都被太平军屠戮一空。一时间，满城内，血流成河。
太平军彻底占领江宁城。