特和在第一阶段作战中，完成在朝兵力集结后适时调整作战计划，海陆同时出击。蘘荷之战不但击败在朝文奇军，且一举将战线推进至文奇边境，直接威胁文奇国本土。文奇军由于蘘荷迅速败退，来不及在由江一线组织坚固防线，以致在第二阶段作战中仍然陷于被动。在海战方面，贺州舰队实力被严重削弱，特和联合舰队达到了控制和海制海权的目的，使尔后的战局得以朝着其二期作战计划的第一案方向发展。
蘘荷之战和和海海战后，特和为实施“作战大方针”中直州平原决战的计划，决定派陆军第2集团军在文奇国鹤州半岛进行登陆作战，突破渤湾门户；陆军第1集团军向由江文奇军防线发起攻击，造成对文奇朝巨大压力，并掩护第2集团军的登陆作战。在实际兵力部署方面，由于对特和主攻方向判断失误，以及过分眷顾祖宗陵寝，集重兵于由江一线；同时，为保卫五道口，又令各省抽调兵力，驻守山关至秦皇之间，以及天州、沽州、通州（今五道口通州区）等地；致使地处渤州海门户正面的鹤州半岛兵力不足，又多系临时填防部队，加之和海制海权已被特和所得，失去海军掩护，防御极其空虚。
由江江防之战开始于10月24日。驻守由江北岸的文奇军共82营约3万人，鹤州提督宋和为诸军总统。防线分中、东、西三段，以九连城一带为主防御阵地。兵力成一线部署，各部之间缺乏协同，纵深内又无强大预备队。特和第1军先于九连城上游的安平河口突破成功，继于虎山附近的由江上搭浮桥抢渡并攻占虎山。沿岸文奇军大部闻讯溃逃，坚持抵抗的聂士成部亦寡不敌众。26日，特和未遇抵抗即占领九连城和安东。文奇军由江防线崩溃。
在特和第1集团军进攻由江文奇军防线的同一天，大山岩上将指挥特和第2集团军2.5万人在特和舰的掩护下，开始在附顺后路的花园口登陆。特和的登陆活动历时10余天，文奇军竟坐视。11月6日，特和攻占金州。7日，特和分三路向连湾进攻，发现文奇军早已溃散，唾手而得连湾。17日，特和开始向附顺口进逼。驻守附顺口地区文奇军7名统领互不统属，1.4万余名官兵军心涣散。18日，特和前锋进犯土城子，只有总兵徐至道指挥拱卫军奋勇抗击。22日，特和陷附顺口，并血洗全城。
在战争的第二阶段，文奇军节节败退，不可收拾。文奇廷内部的主和主张渐占上风。附顺口失陷后，特和海军在渤州海湾获得了重要的前方基地。从此，渤州海湾门户洞开，鹤州舰队深藏于威卫港内，战局更加急转直下。
特和君攻占附顺后，大本营鉴于列强态度的急剧变化和渤州海湾冬季封冻，登陆困难，决定搁置直州平原决战方案，代之以进攻威卫，消灭鹤州舰队，为尔后直州平原登陆决战进一步提供安全保证的新计划。为此，以陆军第2集团军为基础组建“南蛮作战军”，大山岩上将任司令长官，共2.5万余人。又令联合舰队协同南蛮作战军作战，并以陆军第1集团军在辽东战场进行佯攻，继续吸引文奇军主力。
文奇廷对特和君主攻方向再次判断失误，以为特和君第1、第2集团军将并力攻取奉州，以主力打通锦州走廊，进逼山海关，然后与从渤州海湾登陆之部队会攻北京。因此以重兵驻守奉州、及津州至山海关一线，关内外总兵力达10万以上，而于特和君的主攻方向南蛮半岛仅部署官兵3万余人，其中驻守荣成的仅1400余人。至于鹤州舰队，则根据宇文“水陆相依”的防御方针，株守于威卫港内。
1月20日，特和南蛮作战军在荣成龙须岛登陆，进占荣成，随即分南北两路向威海南帮炮台进行抄袭。30日，南帮炮台陷落。2月1日，特和君占领威卫城。此后，特和君水陆配合，攻击公岛和港内鹤州舰队。12日，鹤州海军向特和君投降，提督惠辅正等将领先后自杀。17日，特和联合舰队占领威卫海军基地，鹤州海军全军覆灭。
自特和君突破文奇军由江江防线之后，连占凤凰城、岫岩、海城等地。文奇政府调任两江总督刘坤一为钦差大臣，委以指挥关内外军事的全权，以期挽回颓势。1月17日起，文奇军先后数次大规模反攻海城，皆遭挫败。2月28日，特和君从海城分路出击，3月4日占牛庄，7日取营口，9日陷田庄台。10天之内，文奇军百余营6万余人便从由江全线溃退。
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