故事发生在明朝永乐年间的曲阜尼山脚下。一日，当地知县赵大人接到李、王两家互控的诉状。缘由是李生娶了王家女为妻，婚后二人关系不谐，李生时常对王氏恶语相向，王氏不堪忍受回了娘家。没几日，王氏自行返回。
这次因李生的母亲病重，李生嗔怪王氏侍奉不力，再次出手打骂，王氏负气出走，数月未归。李生前往王家找寻，王家坚称王氏并未回娘家，认定是李生谋害妻子后诬陷，双方因此起了激烈冲突。
后来，王氏的兄长王二牛听闻镇上一个叫钱四的人传言，说李生勾结好友孙五合谋害死了王氏，便以钱四为人证，前来县衙告状。
赵知县即刻传讯相关人证，钱四却坦言是道听途说，不足为信。钱四的父亲也作证说钱四平日里游手好闲，所言不可当真，还恳请追查教唆王二牛诬告的幕后黑手。
审讯王二牛后得知，状纸是其远房表兄王富贵所写。传讯王富贵，得知他是个秀才。
王富贵与王二牛虽有亲戚之名，却无实质利害关系，赵知县遂上报学政，剥夺了王富贵的秀才功名，并下令通缉王氏到案听审。
王富贵本是乡里一霸，如今秀才头衔被夺，心生怨恨，伺机报复。不久，有村民在尼山脚下的河边发现一具无名尸体，被野狗啃咬，赶忙告知保长报官。
王富贵得知后，抢先找到保长，称尸体是自己的堂妹王氏，还把王二牛唤来。王二牛一看便知不是妹妹，转身要走，却被王富贵拉到一旁低语几句，无奈之下只好承认这是王氏的尸体。
保长带着王二牛准备报官，不巧遭遇倾盆大雨，耽搁两日，天晴后才到县衙呈报。赵知县带着仵作和衙役前去勘验，不想王富贵早已买通仵作。仵作称尸体腐烂难辨，王富贵则率王姓族人在尸检现场大闹。
赵知县无奈，只得让保长和王二牛先将尸体掩埋，再向上司请示处置之法。
此事被山东巡抚周大人知晓。周大人深得永乐帝倚重，威望颇高。他见这是一起借尸聚众闹事的案件，深感事态严重，便委派邻县知县钱大人重新检验尸体。
谁料钱知县的仵作和刑房书吏都收受了王富贵的贿赂，仵作谎报尸体肋骨有致命伤，刑房书吏在王二牛等人的供词上添枝加叶，诬陷李生杀妻。钱知县依此上报，周巡抚当即弹劾了赵知县，命钱知县全力查办此案。
钱知县有了巡抚的支持，审讯时手段严酷。对李生先是用夹棍夹其双腿，踝骨外露；又用烙铁烫胸，皮肉焦烂；还让其跪于炭火之上，李生苦苦求饶，钱知县不为所动，逼他承认杀妻之事。
李生受刑不过，胡乱招认埋尸之地。先是挖到一座古坟，仅有朽木枯骨；后又挖出一座男子坟墓；再挖多处，终得一具女尸，可仔细一看，髑髅白发，与王氏年龄悬殊。如此挖了百余座无主坟墓，仍未找到王氏尸体，每次无果便拷打李生，李生已是奄奄一息。
再审讯李生的好友孙五，同样施以重刑，孙五身体孱弱，竟死于刑具之下，也未得到有用线索。
此时钱知县觉得验尸有误，审讯仵作张荣，张荣拒不认罪，结果被当堂杖毙。奇怪的是，李生受了那般酷刑未死，仵作张荣却轻易被打死。
钱知县明知行刑衙役有猫腻，却无法治罪，不过也明白张荣之死与验尸有关，于是从省城请来仵作，重新检验，发现竟是具男尸。
原来之前的仵作借口尸体腐烂难以辨认，钱知县又不懂分辨男女尸身之法，这才被张荣蒙骗。张荣之妻不甘丈夫冤死，到王富贵家理论，王富贵自然矢口否认行贿之事。