朱元璋脸色一沉，目光如炬地盯着那名锦衣卫，沉声道：“莫要惊慌，细细道来！” 那锦衣卫赶忙跪地，稳了稳气息后说道：“皇上，经过几日密探查访，确定有倭寇探子已混入京师，他们与宫中卧底勾结，欲在近日里对京师发动突袭，意图颠覆我大明！” 朱元璋心中一震，没想到内忧未平，外患又至，且敌人竟已渗透到如此地步。
他立刻下令，召集朝中所有重臣，包括兵部尚书、五军都督府的都督们以及锦衣卫指挥使等，火速到乾清宫商议对策。与此同时，他命人加强皇宫内的戒备，每一处宫门都增派了双倍的侍卫，且下令不得随意放任何人进出，尤其是形迹可疑者。
不多时，大臣们齐聚乾清宫。朱元璋面色凝重地将倭寇探子与宫中卧底之事告知众人，殿内顿时一片哗然。兵部尚书率先出列，拱手道：“皇上，如今当务之急是尽快找出宫中卧底，以免他们与倭寇里应外合。同时，加强京师城防，调集城外驻军入城协防。”
朱元璋微微点头，看向锦衣卫指挥使：“你身为锦衣卫之首，负责监察百官与京城治安，宫中竟出现如此多卧底，你该当何罪？” 锦衣卫指挥使吓得跪地，冷汗直冒：“皇上恕罪！臣定当全力缉拿所有卧底，若有疏漏，愿提头来见！” 朱元璋冷哼一声：“限你三日内，务必将宫中卧底一网打尽，否则，拿你是问！”
锦衣卫指挥使领命后，立刻带领大批锦衣卫在宫中展开地毯式搜查。他们对每一个太监、宫女都进行详细盘问，检查他们的居所，不放过任何一个可能藏有线索的地方。一时间，皇宫内人心惶惶，稍有不慎说错话或者举止异常者，便会被锦衣卫带走审讯。
在搜查过程中，锦衣卫发现了一些可疑的信件，信件内容虽隐晦，但经过仔细分析，还是找到了一些与卧底有关的线索。顺着这些线索，他们逐渐锁定了几个嫌疑人，其中包括一名在宫中任职多年的太监总管。
当锦衣卫将那名太监总管抓获时，他还妄图狡辩。但在确凿的证据面前，他最终不得不承认自己与倭寇勾结的事实。据他交代，宫中还有不少卧底，他们计划在倭寇攻城之时，打开宫门，放倭寇入城。而且，他们已经与城外的倭寇约定好了攻城的时间和信号。
朱元璋得知此事后，怒不可遏，下令将已抓获的卧底全部斩首，以震慑其他潜在的叛徒。同时，他根据太监总管的口供，继续派人在宫中追查其他卧底。
在加强宫中排查的同时，朱元璋也没有忘记京师的城防。他命兵部尚书迅速调集城外的精锐部队，日夜兼程赶来京师。并且，下令在京师的各个城门增设拒马、鹿角等防御设施，在城墙上储备大量的滚石、檑木和箭矢。
此外，朱元璋还亲自登上城墙，鼓舞守城将士的士气。他对将士们说道：“我大明的将士们，倭寇竟敢侵犯我京师，妄图颠覆我大明江山。但你们是我大明的精锐，是守护百姓的钢铁长城。朕与你们同在，定要将这些倭寇杀得片甲不留！” 将士们听后，士气大振，纷纷高呼：“保卫京师！保卫大明！”
然而，就在一切都在紧张筹备之时，又传来了一个坏消息。有密探来报，倭寇此次不仅准备攻城，还在暗中联络了一些周边的海盗势力，他们将联合起来，从水路和陆路同时对京师发动进攻。而且，他们还准备了一种威力巨大的火器，可能会对京师的城墙造成严重破坏。
朱元璋得知此事后，陷入了沉思。他深知，此次危机比想象中还要严重。但他并没有丝毫退缩之意，反而更加坚定了保卫京师的决心。
他立刻召集大臣们再次商议对策。经过一番激烈的讨论，他们决定采取以下措施：一方面，在京师的水路入口设置重重障碍，阻止海盗船只靠近；另一方面，安排神机营在城墙上布置火炮，准备应对倭寇的火器攻击。同时，朱元璋还派遣使者前往周边的藩王处，请求他们派兵支援。
在接下来的日子里，京师进入了高度戒备状态。城墙上的士兵日夜巡逻，眼睛紧紧盯着城外的一举一动。而在宫中，锦衣卫的搜查也在继续进行，他们又陆续抓获了一些卧底，成功地破坏了倭寇的一些内应计划。