起初，托勒密九世并非王位继承人——继承人是托勒密·孟菲斯（Ptolemy Memphites），即托勒密六世和克利奥帕特拉二世之子，与他年龄相仿。
在公元前134/3年，托勒密九世曾担任亚历山大大帝（Alexander the Great）的年度祭司，而托勒密·孟菲斯在前一年担任了同一职位。
然而，在公元前130年内战期间，克利奥帕特拉二世试图让托勒密·孟菲斯成为她的共治者，托勒密八世为此将托勒密·孟菲斯杀害，托勒密九世因此成为王位继承人。
大约在公元前117年，托勒密九世被派往塞浦路斯（Cyprus），据说是应其母的要求，在岛上担任总督。
在此之前不久，他与姐姐克利奥帕特拉四世（Cleopatra IV）结婚，她在塞浦路斯期间为他生下了两个儿子：未来的托勒密十二世（Ptolemy XII，公元前117年出生）和另一位未来的塞浦路斯国王托勒密（Ptolemy，约公元前116年出生）。
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116年6月28日，托勒密八世去世。
据尤斯丁（Justin）记载，托勒密八世的遗嘱将埃及交由克利奥帕特拉三世（Cleopatra III）掌管，并允许她选择托勒密九世（Ptolemy IX）或其弟弟托勒密十世（Ptolemy X）作为共治者。
小主，这个章节后面还有哦，请点击下一页继续阅读，后面更精彩！而昔兰尼（Cyrene）则留给托勒密八世的私生子托勒密·阿庇翁（Ptolemy Apion）。
尤斯丁进一步声称，克利奥帕特拉三世原本想选择托勒密十世，但亚历山大的人民发生骚乱，迫使她选择托勒密九世。
保萨尼亚斯（Pausanias）暗示，克利奥帕特拉三世在117年让托勒密九世前往塞浦路斯（Cyprus）是为了将他移出王位继承的障碍，以确保托勒密十世的继位。
一些历史学家认为这一说法是可信的。
然而，克里斯·贝内特（Chris Bennett）则认为这是一个虚构的故事，是克利奥帕特拉三世后来编造出来的。
他指出，尤斯丁的说法假定托勒密八世去世时克利奥帕特拉三世是唯一在世的王后。
然而文献证据表明，克利奥帕特拉二世（Cleopatra II）在公元前116年仍然在世，因此不大可能允许克利奥帕特拉三世独自决定王位继承人。
无论如何，在现存的116年10月的纸莎草文件中，克利奥帕特拉二世、克利奥帕特拉三世和托勒密九世（按此顺序）被共同列为共治者。
托勒密九世获得了“菲洛米特·索特”（Philometor Soter，意为“爱母的救世主”）的称号。
这与克利奥帕特拉二世在与托勒密八世和克利奥帕特拉三世的内战期间所使用的称号相同，表明她在新政权中可能扮演了控制性角色。
托勒密十世在托勒密九世即位不久后被派往塞浦路斯担任塞浦路斯的总督。
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