朝堂之上，诸事繁杂，犹如一团乱麻，千头万绪，亟待梳理。崇祯深知，欲使南明政权得以稳固，绝非一朝一夕之功，只能循序渐进，慢慢将其理顺。
而在当下这诸多事务之中，对于崇祯而言，最为关键且紧迫之事，自然当属全力整顿好南明政权的防线，以抵御外敌的侵袭，守护大明的半壁江山。
崇祯的战略防御思想倾向于保守，此乃事出有因。他对目前明军的整体战斗力并未抱有过高期望，毕竟历经多年的战乱与动荡，明军的士气、训练水平以及装备状况皆参差不齐，难以令人乐观。再者，执掌重兵的将领之中，能够真正让崇祯信赖、委以重任的可靠人选实在是寥寥无几。在这种情形之下，崇祯认为当务之急乃是先稳固防守这半壁江山，确保根基不失，而后再谋划其他长远之计，方为明智之举。
当务之急，南明朝廷急需沿长江构建起第一道坚固防线，长江作为天然的屏障，若能善加利用，可在一定程度上阻挡敌军的南下步伐。
守长江，必先拥有一支能够有效封锁长江水域的强大水师力量，此乃重中之重。故而崇祯毅然下诏，调冯铠章所部水师移防采石矶，此地地理位置险要，是长江防线的关键节点之一；令黄斌卿驻守九江，九江乃长江中游的重要枢纽，掌控此地，可对中游江面形成有力威慑；又命郑鸿逵驻镇江，镇江位于长江下游，与扬州隔江相望，共同构成了长江下游的防御核心。通过这一精心部署，初步构建起了长江防线的基本框架。
并且，崇祯决心在此基础上大力扩充水军力量，力求打造一支水上劲旅。
他将长江沿线细致地划分为多个防区，依据各个防区水情的不同特点，有针对性地配备相应的水军舰队，以实现因地制宜、灵活防御的战略目标。
在长江下游的扬州、镇江一带，江面宽阔，此处将组建以楼船、艨艟为主力的大型水军舰队。楼船，体型高大坚固，可作为水上移动堡垒，其宽敞的甲板之上能够搭载大量士兵和威力强大的火炮，在江面上形成一股强大的威慑力量；艨艟则小巧灵活，穿梭于江水之间，速度极快，适合在江面上进行快速机动和出其不意的突袭作战，二者相互配合，相得益彰，可有效掌控长江下游的水域。
而在长江中上游的武昌、九江等地组建的水军部队，则侧重于内河作战的小型战船，如快舟、舢板等。这些小型战船在狭窄江段如鱼得水，能够自如地进行巡逻和防御任务，可时刻警惕着敌军的一举一动。
为了能够迅速提高水军的战斗力，崇祯另辟蹊径，下令水师从沿海地区招募有丰富经验的渔民，甚至不惜收编海盗加入水军队伍。这些渔民和海盗常年在水上生活，熟悉水情变幻，精通航海技术，他们的加入能够在短时间内显着提升水军的作战能力，使其在长江之上更具战斗力与适应性。
当然，防守长江绝不能仅仅依靠水师的力量，还需在长江两岸的战略要地合理部署陆军，使其与水军相互配合，协同作战，方能构建起一道坚不可摧的防线。
在长江北岸的瓜洲、浦口等重要渡口和战略高地，崇祯下令修筑坚固的营寨、堡垒。这些堡垒采用砖石结构精心建造而成，墙体厚实无比，犹如铜墙铁壁，坚不可摧。堡垒之上设有高耸的了望塔，士兵可于其上极目远眺，洞察敌军动向；设有众多射孔和火炮发射口，可在敌军来犯时给予其猛烈的火力打击。堡垒内部储存有大量的粮草、弹药和各类武器装备，如一座巨大的军事仓库，确保守军在长时间的坚守中物资充足。堡垒周围则挖掘深壕沟，阻挡敌军的进攻步伐；设置鹿砦、拒马等障碍物，让敌军寸步难行。这些北岸营寨之间通过烽火台和快马传递信息，一旦发现敌军有渡江的迹象，能够迅速相互通报并做出及时有效的反应，形成一张紧密相连的情报网，确保信息的畅通无阻。
在长江南岸构建多层次的防御体系。靠近江边的地带，精心修建一系列的炮台。炮台的位置经过反复勘察与精心选址，确保能够覆盖江面的主要航道，使其在防御作战中发挥最大的作用。炮台上配备各种口径的火炮，如红夷大炮等重型火炮，其射程远、威力大，可用于远距离轰击敌军的战船，使其在尚未靠近南岸时便遭受重创；以及虎蹲炮等轻型火炮，用于近距离防御，其操作灵活，可对近距离的敌军目标进行精准打击。炮台后方，构筑城墙和城寨。城墙高大坚固，犹如巨龙蜿蜒盘旋于江边，城墙上设有雉堞，可供士兵隐蔽和射击，为士兵提供了良好的防御掩护。城寨内设置兵营、仓库和指挥中心等设施，形成一个完整的防御节点。各个防御节点之间通过道路和壕沟相连，方便军队的调动和支援，确保了整个防御体系的有机运转。
“守江必守淮”，此乃军事战略中的经典名言，亦是崇祯心中坚守的理念。
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淮河位于长江以北，流域广袤无垠，从西部的桐柏山、大别山延伸至东部的黄海之滨，犹如一条巨龙横卧在大地之上。若仅仅防守长江，长江防线将直接暴露于敌军面前，犹如一座无依无靠的孤岛，极易遭受攻击。而以淮河为第一道防线，则可将防御纵深向北扩展数百千米，大大增加了敌军进攻的难度与成本，为南明政权赢得更多的反应时间与战略空间。