新纪元602年，春季。
人类成功的再次战胜了北方栖姬，重新恢复了往日的和平中。
同时，在神秘巨人释放出的强大光芒下。
净化了整颗星球的所有黑暗和怨念，让那些因此而生的深海怪物，彻底成为了永久的历史。
从那以后，巨人消失了，在没有深海怪物的威胁下，人类正式踏入了全新的发展阶段。
然而，和平只是表象而已，没有深海怪物这个共同的敌人存在。
各大国度为了争夺海洋上的归属权，开始爆发了小规模的冲突，就在这个时候——
一群未知的访客，来到了这个世界……
新纪元612年，夏季。
战争，战争永远无法改变。
在大航海时代，曾经胸怀冒险之心的人类，开始了海上的冒险征途。
在这之后不久，或许是为了利益，或许是为了生存，也或许是为了别的什么。
人类开始争夺起了海上的霸权，从而相互角逐，逐渐演变成了巨大规模的战争……
或许是激怒了大自然，大自然摧毁了所有一切，让人类彻底的经历了一次回炉重造。
同时，作为人类的共同敌人——深海出现了。
它们向人类发起了进攻，让人类不得不团结起来，放下过去的所有仇怨，一起对抗这些意图毁灭全人类的怪物。
最终，百年之后，赢得了真正的胜利。
没有了深海怪物作为威胁。
平稳度过十年和平日子的人类，内部再次爆发了小规模冲突，这一次目的很单纯，为了争夺海洋的所属权。
然而，这一次，全新的敌人出现了。
一群和舰娘类似的存在，名字是——塞壬。
从天空中出现的神秘紫色漩涡中，来到了这个世界。
它们有着超越整个人类的武器和科技力量，在转瞬之间夺走了整个世界的海洋控制权。
将所有人类全部逼退到了各自土地上，从此以后，海域再也不是人类能够栖息的场所。
犹如几百年前，深海突然出现向着人类发动袭击那样，如此相似的遭遇让人类再次敲响了警钟。
面对这场再次来袭的全新危机，人类再一次团结起来，重新组建了当年，专门针对深海栖舰以及净化海洋的军事组织——
『碧蓝航线』
这一次，人类面对的敌人，不再是那些穷凶极恶的深海怪物，而是有着高科技力量的，塞壬。
这一次重新组建的碧蓝航线变成了九个大国，它们分别是——
赤色东煌、白鹰联邦、铁血帝国、重樱神道、皇家王国、北方联合、自由鸢尾教国、维希教廷、撒丁帝国。
然后，全新的碧蓝航线与塞壬，爆发了第一次战争，这次战争被称为『白光战争』。
经过与塞壬一系列的死斗之后，全新的碧蓝航线击退了塞壬的猛烈攻势，从塞壬手中夺回了大部分海域控制权。
这场战争之后，碧蓝航线已经掏空了所有底子，已经无法再次发动与塞壬的第二次战争。
同时，塞壬也没有继续发动大规模的进攻趋势，反而撤退到了北方海域和南方海域，与人类维持着异样的僵持局面。
正因为如此，人类得到了喘息的修养生息时间，以及找出应对塞壬的办法.
同时，在这场战争结束后，人类还找到了塞壬不知什么原因，而留下的奇怪物品。
与心智魔方差不多的存在，彩色的小型心智魔方……
……
与塞壬第一次大战之后，时间已经过去了三十年。
现在的时间是，新纪元645年，夏季。
从天空俯瞰蓝色的大海，这里是隶属于白鹰联邦本部，对塞壬防线海域。
无数的新型量产运输舰，在众多舰娘的护卫下。
它们缓缓开进了这里的镇守府港口，同时，大量的蛮啾鸟早已等候多时，纷纷飞了上去，开始搬运上面运来的物资。
就在这时候，十几架黑色的舰载机从天空迅速飞过。
然后向着不远处海面上，停泊着的量产航母飞了过去，井然有序的降落到了量产航母的甲板上停下。
不久后，全部停留完毕的舰载机，再度发动引擎，顺着航母甲板再一次飞向了天空，以上场面反复循环上演。
同时，一名身着黑色服饰的舰娘，正单手叉腰迎风站立在甲板上，一头银白长发在脑海随风舞动。
「企业，你真的要前往新设基地吗？不再继续考虑一下吗？」
温柔的——应该说是充满某种关心意味的声音，从企业身后传来。
不用回头也知道，站在身后是赫斯提亚。
和企业那身漆黑服饰不同，赫斯提亚穿着一身医疗人员的服饰打扮，同时手上还提着一个医疗箱，看起来是准备出诊的样子。
「嗯，是的，我准备去新设基地，这是司令部的安排，那边即将有一位指挥官到岗……」