在东方仙魔战场的危机暂时平息后，天庭看似恢复了往昔的平静与威严，实则暗影教的阴影依旧笼罩在众仙心头。杨天佑在玉帝的旨意下，全力投入对暗影教的深入调查之中，而瑶姬则在天庭的仙药与法宝助力下，于静室调养伤势，灵儿守在一旁悉心照料。
杨天佑四处探寻暗影教的踪迹，他翻阅天庭古老的典籍，拜访各位德高望重的仙长，希望能从只言片语中拼凑出暗影教的全貌。一日，他在一座尘封已久的仙府中发现了一本残卷，上面隐约记载着暗影教的起源。原来，暗影教诞生于远古时期的一场仙魔大战之后，一些战败的魔众与心怀不满的散仙勾结，妄图颠覆天庭，掌控三界。他们隐藏在暗处，不断发展壮大，通过蛊惑人心、暗中破坏等手段逐渐渗透进天庭与凡间的各个角落。
随着调查的深入，杨天佑发现暗影教在天庭内部竟有不少内应。这些内应伪装成忠诚的仙官，暗中传递消息，为暗影教的行动提供便利。这一发现让杨天佑大为震惊，他意识到天庭内部已被暗影教侵蚀，若不及时清除，后果不堪设想。他将这一情况禀报玉帝，玉帝听闻后龙颜大怒，下令杨天佑秘密清查内奸，务必将暗影教在天庭的势力连根拔起。
而在瑶姬养伤期间，她的思绪却飘回到了曾经的过往。她想起了自己未被封印神力之前在天庭的日子，那时她天真无邪，一心只想守护天地间的生灵。然而，命运的转折让她历经磨难，如今面对暗影教的威胁，她深知自己肩负的责任更加重大。瑶姬在静室中闭关修炼，试图将自身的仙力与在战斗中领悟到的新力量相融合，她的身体周围环绕着淡淡的仙光，那光芒随着她的呼吸微微闪烁，仿佛在孕育着一股强大的力量。
灵儿看着瑶姬努力修炼的样子，心中满是敬佩。她虽为凡人，但也渴望能为守护天庭贡献一份力量。于是，灵儿在天庭中四处打听，寻找能帮助瑶姬恢复伤势的方法。在一次偶然的机会下，她听闻人间有一处灵泉，泉水蕴含着强大的生机之力，或许能助瑶姬一臂之力。灵儿毫不犹豫地决定下凡寻找灵泉，尽管她知道下凡之路充满艰险，但为了瑶姬，她义无反顾。
在灵儿下凡后，杨天佑在清查内奸的过程中遭遇了重重阻碍。那些内奸察觉到杨天佑的行动，开始暗中设局陷害他。他们伪造证据，污蔑杨天佑与暗影教勾结，意图谋反。天庭众仙不明真相，纷纷对杨天佑产生了怀疑。杨天佑陷入了巨大的困境之中，他一边要躲避追捕，一边要继续追查暗影教的真相，以证明自己的清白。
就在杨天佑四处躲藏之时，他意外地遇到了一位神秘的仙人。这位仙人自称清风，他告诉杨天佑，他知晓暗影教的一个核心秘密，但需要杨天佑与他一同前往一个神秘的地方才能知晓。杨天佑心中虽有疑虑，但为了揭开暗影教的真面目，他决定跟随清风前往。他们穿越了重重云海，来到了一座悬浮在虚空之中的神秘岛屿。岛上弥漫着浓郁的雾气，那雾气中似乎隐藏着无数的危险。
清风带着杨天佑深入岛屿内部，在一座古老的神殿前停下。清风说道：“暗影教的秘密就在这座神殿之中，但里面布满了机关陷阱，你可敢与我一同进入？”杨天佑毫不犹豫地点点头，两人小心翼翼地走进神殿。神殿内阴暗潮湿，墙壁上闪烁着诡异的符文光芒。他们刚一踏入，便触发了机关，无数的利箭从四面八方射来。杨天佑施展出仙法，将利箭纷纷挡下，清风则在一旁破解机关的奥秘。
经过一番艰难的探索，他们终于在神殿的深处发现了一块巨大的石碑。石碑上刻满了文字与图案，记载着暗影教的核心教义与他们操控黑暗力量的方法。杨天佑仔细研读石碑上的内容，心中大为震惊。原来，暗影教一直在寻找一种古老的黑暗神器，这种神器拥有着足以毁灭三界的力量。一旦他们找到并激活神器，天庭与凡间都将陷入无尽的黑暗与混乱之中。
而在灵儿下凡后，她历经千辛万苦，终于找到了那处灵泉。灵泉位于一座险峻的山谷之中，周围布满了凶猛的野兽与邪恶的妖灵。灵儿凭借着勇气与智慧，巧妙地避开了重重危险，来到了灵泉边。她用随身携带的容器盛取了灵泉之水，正准备返回天庭之时，却被一群暗影教的教徒发现。
暗影教教徒们得知灵儿取走了灵泉之水是为了救治瑶姬，便想抢夺。灵儿紧紧抱住装有灵泉之水的容器，与暗影教教徒们展开了一场激烈的搏斗。她虽只是凡人，但她的勇气却让暗影教教徒们大为惊讶。在搏斗中，灵儿巧妙地利用周围的环境，一次次躲过了暗影教教徒们的攻击。然而，暗影教教徒人多势众，灵儿渐渐处于下风。