这些谎言成功骗到了空中花园，导致指派少部分的战斗人员和考古小队前去清理这个空间站。
反叛者在发现空间站之后，就立马提供飞船给加百列，飞船是无编号飞船，加百列在使用之后就自动毁灭了。
加百列成功回收的宿主，并且企图将赛琳娜带回去，将其培养成红潮中的推行者，这么做会让帕弥什病毒更好的活动。
但是被主角小队成功拦截救下，但是加百列却把宿主成功带了回去，并在桑卡大脑内进行培养异变核心，因为十分重要，所以升格者全员守在那边。
但空中花园准备把势力拓展到桑卡城，于是和主角小队交战，罗兰和阿尔法将主角小队全员击败，露西亚在这时候好像觉醒了一部分记忆。
最后升格者成功带着已经培养好的异变核心离开了，从异变核心上面能量残留下来的菌块迅速影响到了整个城市。
主角一个人带领着部分清理部队和空中花园的其他大部队从四周开始桑卡中的感染体，并且成功消灭了菌块，但是除主角比安卡，千子三人，空中花园所派的数支小队和清理部队剩下的人全部阵亡。
加百列在抓捕鲸鱼儿行动失败后将异变核心投放在了大洋洲地下废弃物堆放场，其中，因产生的巨大能量扭曲的时空。
将另一个世界中正在经历悲剧的未来艾伦带了过来，同时，也把少年艾伦和部分人带了过来。
因为核心的力量太过于巨大只有艾伦的特殊体质才能勉强适应。
艾伦与升格者达成交易升格者帮助艾伦融入核心力量，利用艾伦毁灭世界，但事后想利用露娜的力量来分解核心，但是最终艾伦失败，核心所爆发的力量再次扭曲时空将艾伦他们带走。
之后空中花园想利用首席和阿迪莱商业联盟的婚约从而建立起更深厚的关系，所以成功订婚。
之后，空中花园在对玛利亚城任务行动中遭受创伤，并派主角小队前去营救被困的圣甲虫小队，成功救出后对成为半成品升格者的堤法进行了救助，成功解放了玛利亚城。
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