小智三人继续向前出发，他们乘船来到一个有些破败的城市-黑云市，黑云市是所处在港口边的一个小城，这边工业化严重，大工厂产生的大量废气和污染物会从大烟囱排放到空中或者水域中，给这里城市的天空和周边的环境造成污染。
就好像这些靠近城镇边的河水，水质浑浊，大量的泥沙和污水遍布其中。海风一吹，岸边的海浪拍打着水花，一股股臭气熏天的气味直击人心。
路过这里的旅客和行人看到这破败不堪的城市，闻着臭泥和工业污染产生的废气，一刻都不想久留。
小智三人此刻就站在黑云市的码头边，三人看到这残破的城市和荒无人烟的街头，三人都感到一阵荒凉，好好的城市被破坏成这样，令人十分唏嘘。
三人中的小霞望着这个败落的城市，她向两人解释,当初的黑云市并不是这个样子的，当初的黑云市被誉为工业重市。
这边有着大量的工厂，所以当地的经济一直很好，城市也很繁华，旁边的小刚也在一旁介绍因为这个原因，大量的工厂产生的废气，天空和大海都受到了污染
小智看到这个场景，遗憾的说着这里可能不太会有宝可梦的出现了，三人边说边走着。突然怀中的皮卡丘发烧了，脸颊上的电流不受控制的外溢
皮卡丘突然发烧当然是因为黑云市的环境所造成的，一只未知的宝可梦影响到了皮卡丘的健康，皮卡丘身为电系宝可梦对够导致它身上电系元素的混乱，肯定是由别的电系宝可梦造成的
小智看到皮卡丘烧的厉害，紧张起来。马上抱起皮卡丘奔着这附近的宝可梦中心跑去，身后的小霞、小刚在后方跟着，三人都替皮卡丘担忧。
小智穿着橡胶手套抱着发烧无法控制电流的皮卡丘站在前台边上，小霞、小刚陪在他身旁，小智朝着柜台边大喊
“有没有人？”他又急躁的按响了柜台边上的门铃
从里屋走出被吵醒的乔伊小姐，她打着哈欠看着小智抱在怀中的皮卡丘
小智将乔伊小姐吵醒，他向乔伊小姐道歉，同时希望乔伊小姐能够帮他治疗他最重要的伙伴-皮卡丘。
乔伊小姐打着哈欠，漫不经心的对着小智三人说：“皮卡丘可能是感冒了”
小智看到乔伊小姐如此的敷衍了事，生气的对面前的乔伊小姐大喊：“拜托你仔细看看，它是我重要的伙伴，拜托你认真一点行不行？”
乔伊小姐并未生气，看到小智如此在意皮卡丘，告诉他并不要着急
她告诉小智，皮卡丘的双颊有冒出电流，这是电气老鼠感冒的初期症状。乔伊小姐说只要皮卡丘在这里待一个晚上，很快就会痊愈的。
另一边海中的湖面上冒出了很多红色的眼睛，那些眼睛像是活物，很快露出身形。原来都是由紫色粘稠液体组成的宝可梦-臭泥
众多臭泥从海边往着城市中的下水道钻去，很快集聚到一起，进入下水道。它们进入其中很快就钻到了水力发电控制室，控制室控制着整个城市的电力系统
由于它们的进入堵住了水流，导致水力发电控制室瘫痪，无法继续工作，整个城市变成了漆黑一片。
控制室中的几人工程师也发现了这糟糕的情况，他们赶忙对着控制室中面前的操作系统进行系统维护，想办法修复问题，保证城市的供电正常。
他们检查了情况，发现海水的柱塞口被堵住了，导致水力发电机缺少了动力，无法正常的工作
在宝可梦中心的治疗室中，里面病房中躺着众多的宝可梦，因为电力系统的瘫痪，导致整个城市失去了电力，宝可梦中心当然也不例外。
小智三人和乔伊小姐都看向治疗室中漆黑一片，正在治疗的宝可梦们因为电力系统的瘫痪，无法给这些受伤的宝可梦们继续治疗。
乔伊小姐看到眼前的场景十分担忧，对三人说如果不能及时的供电，这些受伤后没有继续接受治疗的宝可梦可能会有生命危险
小智三人听到乔伊这么说，也十分着急，他们都必须去想个办法来应对。