东亚科技联盟的初期发展迅猛，不仅带来了技术革新，还显着增强了联盟各成员国的经济和军事实力。然而，随着联盟影响力的不断扩大，内部的矛盾与竞争也逐渐浮现。张宇意识到，要让这个科技联盟长久稳定地发展下去，必须妥善处理各成员国的利益关系，并应对随之而来的西方列强压力。
利益分配的不均
东亚科技联盟中的各成员国虽然达成了技术共享的共识，但由于清朝在联盟中起主导地位，不少资源和资金向清朝倾斜。尤其是一些重大科研项目和关键技术成果，常常优先应用于清军或清朝的基础建设中。这样一来，其他成员国，尤其是日本的代表开始表达不满，认为清朝对资源的分配过于偏向，未能充分考虑其他成员国的发展需求。
为缓解这一矛盾，张宇提议建立一个“科技资源分配委员会”，由各成员国的代表共同参与，对资源和技术进行公平的分配。委员会成立后，成员国代表可以直接讨论科技资源的分配问题，确保每个成员国的合理需求得到满足。张宇的这一举措暂时平息了不满情绪，也向联盟内部传达出公平和合作的信号。
文化与意识形态的冲突
除了利益分配的问题，各成员国的文化差异与意识形态冲突也开始显现。清朝崇尚儒家思想，而日本则更具武士道精神，崇尚纪律与力量。而朝鲜更倾向于儒教保守主义，与清朝相似但也有不同的地方。由于意识形态的差异，成员国之间在具体的政策与合作细节上，往往会产生分歧。
例如，当联盟推进公共卫生计划时，日本方面希望推行严格的卫生法令，要求民众自律，而清朝则倾向于由政府提供更多的服务和帮助。这一差异导致双方在政策执行上产生了矛盾。
张宇意识到这些文化差异是短期内无法彻底消除的，但他希望通过加强互相尊重和理解来达成共识。他在东亚科技研究院内设立了“文化融合研究室”，由各国的学者共同探讨如何在技术进步的同时，包容彼此的文化特色。通过不断交流与学习，联盟内的成员逐渐在共同目标下找到合作的平衡点。
西方列强的遏制政策
东亚科技联盟的崛起引起了西方列强的高度关注。英国、法国等列强国家认为东亚科技联盟的成立将削弱他们在亚洲的利益，并对他们的殖民地构成威胁。于是，西方国家开始采取一系列遏制措施，从经济封锁到技术封锁，再到情报间谍活动，以限制东亚科技联盟的发展。
面对西方的遏制政策，张宇决定采取两项应对措施：一是加强科技自主研发，以减少对西方技术的依赖；二是通过外交手段，建立一个更为广泛的国际联盟，以抗衡西方的孤立和封锁。在他的领导下，东亚科技联盟逐渐与中东、南亚等地区建立起更为密切的联系，形成了一个抗衡西方的国际网络。
内部的背叛与间谍活动
随着西方列强的间谍活动加剧，联盟内部的情报泄露事件也越来越频繁。张宇发现，联盟内一些科研项目的关键技术和机密资料，常常在不知不觉间被泄露给西方国家。为此，他加强了科技研究院的安全防护措施，并设立专门的情报调查部门，负责打击内部的间谍活动。