椿回到海底世界的家，陷入了无尽的自责与内疚中，整日里闷闷不乐，心事重重。
椿的爷爷告诉她，人类死后，身体归于尘土，灵魂会来到海底世界。好人变成一条鱼，由灵婆管理，坏人则变成老鼠，由鼠婆管理。
那一日，椿一个人来到山崖边，默默地吹起了那个人类少年的陶笛，笛声哀婉间，身后一尊古老的神像忽然开口说话了！
神像告诉她，若想救那个人类少年，需要去如升楼找灵婆做交易，可以换回少年的灵魂，帮助少年复活。神像还给了她一个核桃模样的信物，教她找到灵婆的方法。
根据神像的指引，椿找到了灵婆，用自己一半的寿命换回了人类少年的灵魂。此时，那个少年的灵魂，还是一条很小很小的鱼，沉睡在一个小小的玻璃鱼缸里。
灵婆取走了椿一半的寿命，并将她剩下的灵魂与少年的灵魂相融在一起，唤醒了那条小鱼。
灵婆告诉椿，要照顾好这条小鱼，把他养大，大到可以独自飞上天际，便能通过海天之门，回到人间，作回那个海边的少年。但是，复活后的少年，将不会记得海底世界的一切，也不会记得她。
椿觉得，只要能让少年复活，只要能弥补自己犯下的错，她什么都可以不在乎。于是，她很开心地把小鱼捧回了家，取名为鲲。
椿有一个青梅竹马的好朋友，名字叫湫，比她大一岁。湫不知道鲲的来历，但他喜欢椿，所以，便不问缘由，只是尽心尽力地帮她。
可是，海底世界不允许养鱼，尤其是妄图复活一个人类，违背天道。他们只能带着鲲东躲西藏，经历了重重磨难。
有一次，他们带鲲到野外，去寻找更大的水塘。
为了救椿，湫不幸中了双头蛇的毒，命在旦夕。椿慌了，背着湫去找自己的爷爷求助，老人家本就大限将至，于是用自己最后的寿命，换回了湫的一条命。
临终前，爷爷安抚痛哭不已的椿，叫她按照自己的内心行事，他和已故的奶奶，会一直支持她。
椿的爷爷，生前掌管百草，死后化作了一棵海棠树。奶奶生前掌管百鸟，死后化作一只凤凰陪伴爷爷。现在，这只凤凰，便栖息在爷爷化作的海棠树上，继续相依相伴。
可是，毕竟这是逆天之行。
随着鲲一天天地长大，慢慢发生了一系列罕见的天灾，先是连日暴雨，接着是夏日飞雪。人们发觉了不对劲儿，多方查证下，终是发现了椿养鱼的行为，便开始追杀鲲。
在带鲲逃亡的路上，湫为了保住椿，偷偷抛弃了鲲。却没想到，椿得知后，不顾一切地跳入了寒冷刺骨的冰洞中，只为去救鲲。
此时，湫才意识到，椿养鱼，并非只是一时兴起，鲲对她而言，比性命还重要！
无奈下，他只得同时救出椿和鲲，将他们安排妥当后，偷偷拿走了神像给椿的信物，一个人找到灵婆，打听鲲的渊源。
灵婆告诉他，椿和鲲早已灵魂相融、性命相连，一旦鲲死了，椿也会跟着死，并且，鲲离开海底世界回到人间的日子，便是椿的死期。