二年（己未，公元59年）
春季，正月辛未（十九日），在明堂为光武帝举行祭祀大典。明帝及公卿、诸侯，初次戴上特制的专用冠帽和玉佩参加仪式。典礼结束后，登上灵台，察看天象。大数天下。
三月，明帝临幸辟雍。第一次举行大射礼。
冬季，十月壬子（初五），明帝临幸辟雍第一次举行养老礼。命李躬为三老，桓荣为五更。三老身穿麻布大袍，头戴前高七寸、后高三寸、长八寸的黑布进贤冠，手扶玉杖。五更的装束也同三老一样，但不用玉杖。明帝来到辟雍的礼殿，坐在东厢，派使者用单马牵拉的安车将三老和五更接到太学讲堂。明帝在门屏处亲迎，互相行礼。
然后明帝自东阶引路，三老从西阶而上。到达阶顶，明帝依礼作揖。三老登堂，面向东方，三公摆设几案，九卿将鞋放正。明帝亲自卷起衣袖切割祭肉，捧上酱汁请三老食用，手执盛酒之爵向三老敬酒。先祝进餐不梗，后祝咽食不噎。五更面向南方，由三公进奉肉、酒，礼仪和进奉三老相同。
仪式结束后，召桓荣和他的学生登堂。明帝亲自讲论经书，儒生们则手执经书在明帝面前询问疑难。环绕在辟雍大门外桥头观看和聆听的官吏和士人，不计其数。于是明帝下诏，赐封桓荣为关内侯，三老、五更都终身享受二千石俸禄并赏赐全国的三老，每人一石酒，四十斤肉。
明帝当太子时，曾向桓荣学习《尚书》。及至登上帝位，仍以师生之礼尊奉桓荣。他曾临幸太常府，命桓荣朝东而坐，为桓荣设置几案和手杖，集合文武百官和桓荣的学生数百人，而他本人则亲手拿着经书听讲儒生们有离开座位向明帝提出疑难的，明帝便谦虚地说：“有老师在这里，我怎能讲解呢？”事后，明帝将太官供应的食具全套赏赐给桓荣家。
每当桓荣患病，明帝便派使者慰问，送食物的太官和治病的太医在路上前后相望，来往不断。桓荣病重时，上书叩谢皇恩，请求奉还爵位和封地。明帝亲临桓家问候病情，一到街口，便下了车，手抱经书来到病榻之前。他手抚桓荣，泣涕流泪，赐给桓荣床垫、帷帐、刀剑、衣服、被褥，停留许久才走。
从此，前来探病的诸侯将军、大夫们不敢再乘车直抵桓家大门，全都步行到桓荣床前拜见。桓荣去世后，明帝亲自改换丧服吊唁送葬，在首山南麓赐给桓荣一块墓地。桓荣之子桓郁本应继承爵位，但他要让给哥哥的儿子桓泛。因明帝不许，桓郁才接受了封爵，但将封地上的田赋收入全部送给桓泛。明帝任命框郁为侍中。
明帝因中山王刘焉是郭太后的小儿子，又深得阴太后的宠爱，所以唯独让他留在京城，直到本年才同其他亲王一起前往封国。赏给他虎贲卫士和骑士，恩宠特厚，只准他一人来往京城。明帝对阴太后和郭太后所生的儿子，都以礼相待，事事必定一律平等。这些亲王经常得到赏赐，都蒙受深厚的皇恩和眷顾。
十月甲子（十七日），明帝出行，临幸长安。十一月甲申（初七）派使者用中牢—以一猪一羊为祭牲祭祀萧何和霍光。明帝经过他们的墓地时，在车上手按横木，俯身致敬。明帝又从长安前往河东郡。十一月癸卯（二十六日），返回京城皇宫。
十二月，护羌校尉窦林因欺骗主上及贪赃枉法之罪，下狱处死。窦林是窦融堂兄之子。当时的窦氏家族，有一个公、两个侯个公主和四个二千石官。
从祖父到孙儿，他们的官府和私邸遍布京城地区，可以彼此相望。窦氏的富贵与显赫，皇亲国戚和功臣中无人能够与之相比。及至窦林被诛，明帝接连下诏严厉责备窦融。窦融惶恐不安，请求退休，明帝便下诏命令他回家养病。
本年，第一次举行“五郊迎气”典礼。
新阳侯阴就之子阴丰娶郦邑公主为妻，公主骄横嫉妒，阴丰将她杀死，因此获罪被诛。他的父母阴就夫妇自杀。
南匈奴单于汗去世，前单于比的儿子适继位，此即醌僮尸逐侯提单于。
三年（庚申，公元60年）
1春季，二月甲寅（初九），将太尉赵熹、司徒李免职。
二月丙辰（十一日），任命左冯翊郭丹为司徒。
二月己未（十四日），任命南阳太守虞延为太尉。
二月甲子（十九日），将贵人马氏立为皇后，皇子刘炬立为太马皇后是马援的女儿，光武帝时被选入太子宫。她能够侍奉顺承阴皇后，和同辈友好相处，礼数周全，上下和睦，于是特别受到宠幸。及至明帝即位，便将她立为贵人。