雨之国的天空好像永远都在下着雨，一条小溪里一只蛤蟆慢慢的浮上水面，呆在岸边一动不动看起来颇为奇怪。不一会，这只蛤蟆张开大嘴，一条手臂从里面伸了出来，没错，正是自来也。
费尽全力终于是爬出了蛤蟆的体内，自来也躺在岸边就这么晕了过去。没一会跑过来三个小孩，两男一女，女孩发色为浅蓝紫色，瞳色为浅橘黄色。三小只互相看了看，便合力把自来也带走了。
事情还要从自来也大战山椒鱼半藏说起，那天自来也跟半藏大战了一天一夜，最后自来也还是因为半藏体内的剧毒败下阵来，要不是临行前千夜交给他的解毒丸能够暂时压制剧毒，自来也这次可能就真的死了。
而刚才那三小只其中的女孩名叫小南，是雨之国的战争孤儿。失去了父母后小南就在雨之国到处流浪，途中遇到了同为战争孤儿的弥彦，某一天小南遇到了晕倒的长门，小南给了长门一个面包，然后把长门加上一条叫小不点的流浪狗带到弥彦的 “秘密基地” ，从此弥彦、小南、长门就在一起生活。
三小只的生活来源基本上就是靠偷东西，这时候的雨之国战乱不断，大部分有能力的人都选择了远离战争，带着全家老小逃难。弥彦、小南、长门励志要改变这个战乱不断地国家，那天自来也大战山椒鱼半藏的时候正好被三小只远远的看到。
弥彦提议寻找自来也学习忍术，虽说这个时期的山椒鱼半藏已经是雨之国当之无愧的首领，但他那带着通气管面具的样子和凶狠的表情怎么看都不像好人。自来也看起来一副好人形象，于是小南和长门欣然同意，三小只费尽千辛万苦终于找到了自来也，只不过当时自来也已经昏迷了过去。
殊不知对于雨之国来说，山椒鱼半藏绝对是英雄级人物，反而 “好人” 自来也这个时候其实应该算是雨之国的侵略者。没办法，三小只的那有限的知识这个时候也只能凭外貌来区分好坏了。
等自来也醒过来的时候，发现自己应该是躺在一处被遗弃的破旧房屋内，身旁不远处有三个小孩在围在一团小火苗处，看样子应该是在取暖。“那个，你们好啊。”
三小只发现自来也醒过来都很开心，小南则是端过了一碗热水递给自来也，自来也接过后也不嫌弃便喝了起来。一番介绍后四人算是彼此认识了，弥彦借机表达了三人想跟随自来也学习忍术的事情，自来也本身也是反对这场战争的，这三个小孩的遭遇也算是自己间接所导致的，听完后也就点头同意了这个要求。
三小只一看自来也同意了自己的拜师要求，高兴的欢呼起来，可一声 “咕噜” 的声响传来打破了众人的喜悦。原来是因为这两天三小只一直在寻找自来也，没时间去，额，偷东西，小南的肚子实在是饿得受不了了。小南苍白的脸上浮现出不好意思的红晕，两只手纠结在一起埋着头研究脚底下的土层构造。
弥彦和长门这会也不好意思，很是尴尬。
自来也一看众人的神色便也了然于胸，拿出封印卷轴解封出千千集团的罐头，简单的在小火苗上面做了个支架就把罐头放了上去。没多久，热气腾腾的鱼肉罐头就引得三小只使劲的吸着鼻子，三小只第一次吃到如此的美食，即便罐头里已经空空如也还是一个劲的盯着空罐头发呆。自来也随即便再拿出两个羊肉罐头放上去，还递上了饼干分给三小只。
小南开心的用饼干纸折了一朵纸花，送给了自来也。自来也看了看纸花，再看了看三小只，眼睛里突然感觉有些生涩，随即摸了摸小南的头便使用通灵术召唤出深作仙人来帮忙解毒。
深作仙人出现后先是好奇的看了眼四周，然后跳到自来也的肩膀上说道 “小自来也，你这是怎么了，怎么看起来快要死了一样。”
自来也无奈的笑了笑 “深作仙人，之前我也差不多确实是快死了，召唤你出来主要是看看能不能帮我解毒。”
“解毒？你中毒了吗？小自来也。”
“是的，山椒鱼半藏的毒。”
“山椒鱼的毒啊，这个毒可不简单，不过还难不倒我深作仙人。”
说完，深作仙人便用两只爪子抵住自来也，运转仙术为自来也解毒。
三小只在旁边看得一愣一愣的，特别是那只留着胡子会说话的蛤蟆，这就是忍者吗？果然，看起来很腻害的样子！