至此，大明王朝封疆残破——万历一朝，实际上已经敲响了明代必然灭亡的丧钟。
万历42年(1 6 l 4年)叶向高致仕回家之后，方从哲任内阁首辅。他本是个庸庸碌碌、软弱无能、毫无政绩的官吏，对皇上和邪派官吏毫无制约作用。
当时万历的身体已日渐不济。最初不肯出来朝见大臣的原因是，忙于吃喝玩乐，与后宫嫔妃腻在一起，沉浸于温柔之乡。后来，不但不去朝见大臣，就连章奏也很少去看。即使草草看完章奏，不加批示，亲手甩在废纸篓里“留中”。现在更省事了，所有大臣章奏送来之后，他让御前太监统统扔进一间小破屋了事。
边关的残破，内政的败坏，使万历朝后期的统治处于极度的混乱之中。这段时期，是一段“正不压邪”的至暗时期。
“东林党”的官吏们绝大多数被诽谤、陷害，大部分已遭不白之冤被迫“致仕”、“下野。那些少数在朝官员，也难以起到关键性作用。
这些人看到势头不好，只好“韬光养晦”，轻易不敢锋芒毕露。这就给了邪派官吏以可乘之机。齐党、楚党、浙党呈三足鼎立之势。齐党首领亓诗教、韩浚、周永春，楚党有官应震、吴亮嗣，浙党有刘廷元、姚宗文。这三个党派争风吃醋、飞扬跋扈，呼风唤雨，气焰极为嚣张。
这个时期，边关频须额告急，朝廷内部党争四起，把首辅方从哲简直闹得焦头烂额，走投无路，处境更加尴尬。皇上早就没了指望，群臣对朝政完全失去了信心。于是，群臣心中的所有不满和怨恨，都集中在方从哲一人身上。
许多大臣上疏弹劾方从哲枉居高位，尸位素餐，造成朝政如此混乱。方从哲连忙上疏辩解。
然而，群臣劾奏方从哲和方从哲自辩奏章，都石沉大海，再也没了信息。此时，万历皇帝之所以任用方从哲，正是看中了他软弱无能、唯唯诺诺这一面，这样一来给自己减少这么多麻烦。
如果换一个精明能干的首辅，今天一项改革，明天一个法令，左一个报告，右一通请示，简直会搅得他头昏脑涨。想起他登基之初，张居正和冯保对他的提携管教，他简直不知道那几年是怎么过来的。
虽然方从哲没有什么本事，却也为他挡掉了许多麻烦事。使他得以日以继夜地在后宫同嫔妃们饮酒作乐，看来还是值得的。
然而，当辽东边疆残破，努尔哈赤大举进攻的警报日甚一日，朝廷内官吏却不务政事，贪污受贿，党争日益激烈的情况下，朝中大臣的忍耐力已经达到了极限，他们再也不能容忍皇上的藐视和轻慢，再也不能容忍朝廷对大家的敷衍和塞责。
万历7年9月15日，60多名大臣来到文渊阁请愿，他们丢掉了平昔的温文尔雅，一个个污言秽语，甚至破口大骂。
责备方从哲空居高位，白食俸禄，毫无作为，纵容皇上沉溺后宫；包庇奸邪之徒摇唇鼓舌，煽风点火，搅乱朝政；对日益激烈的党争不分是非，不予裁夺，致使互相间争权夺利，造谣詈骂。