大蛇丸如愿以偿地获取到了根部所有珍贵无比的实验资料以及绝大部分的实验室，还有那白绝的部分残躯拥有权和资金援助；而作为交换条件，大蛇丸将亲自出马，倾尽全力帮助宇智波炽稳固其刚刚获得的火影地位，同时大蛇丸承诺宇智波炽共享实验成果的丰厚回报。就这样，一场原本充满火药味的激战，最终演变成了一次互惠互利的合作。
因为宇智波炽和大蛇丸的交易，所以在关键时刻，宇智波炽挺身而出，为大蛇丸发声开脱，并巧妙地将所有的主要过错一股脑儿地全都推到了志村团藏的头上。
最终的结果是，大蛇丸完完全全只是因为自身的能力，参与了那些早已被禁止的研究试验而已。大蛇丸摇身一变，从禁忌实验的罪魁祸首之一变成了一名看似无辜的研究员，这样的结局与原着中的设定恰好相反！
这场风波整整持续了数日之久，期间各方势力纷纷发力。经过众人不懈的努力，最终成功地将神秘且强大的“根部”组织一举铲除，不仅如此，连猿飞一族的大部分成员也受到了牵连。
面对如此严峻的形势，猿飞日斩为了保住家族的根基命脉，不得不放下身段，私底下悄悄约见了宇智波炽一面，而宇智波炽也不想自己在刚刚掌权后，就发生昔日的火影家族反叛事件，那对他的名誉影响实在是太大了，所以同意了他的会见请求。
两人见面之后，便开始了一场漫长而又紧张的谈判。他们你来我往、各抒己见，足足交谈了大半天才总算达成了一致意见。
根据最终的协商结果来看，对于猿飞四族中那些情节特别严重之人，也就是除了贪污之外还牵扯到其他重大问题的家伙们，一律严惩不贷，绝不姑息；
而剩下的那些相对较轻者，则需要缴纳高达三倍的巨额罚款，同时，一旦战争爆发，这些人将会被优先征召入伍。至于具体的征召次数嘛，则要依据每个人所犯罪行的轻重程度来决定。
而猿飞日斩则需要前往火之国的大名处，帮助木叶要来一笔资金，同时也要帮助宇智波炽获得大名的认可，虽然这事宇智波炽并不是很在意，但是终究是多一事不如少一事的好。
木叶的的暗中，经过一场惊心动魄、精彩纷呈的激烈博弈之后，宇智波炽凭借着自身强大的实力和卓越的智慧，成功地扫除了所有横亘在其通往火影之路的重重阻碍。
紧接着，木叶村毫不犹豫地向外界公开发布了宇智波炽即将担任第五代火影这一震撼人心的消息。就在这个关键时刻，曾经游离在外的自来也以及纲手二人，也都纷纷踏上了回归木叶村的旅途。
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