学园都市是面积占据东京都西部三分之一的都市，居住着230万人，其中八成（180万）以上是科学势力的代表：学生。
学园都市拥有世界上最尖端的科技，一般认为领先外界约30年。学园都市的由统括理事长亚雷斯塔·克劳利花费50年的时间创建，由「统括理事会」全权管理。由于技术、研究多数都是高度机密事项，学园都市内的警戒体制非常严格，对人员进出有严格的限制。
学园都市的学生，大部分居住在学校的宿舍中，并在各个学校中接受能力开发。
学园都市的学生大都借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。有各种类型不同能力，以范围和威力分为无能力者（Level0）、低能力者（Level1）、异能力者（Level2）、强能力者（Level3）、大能力者（Level4）、超能力者（Level5）、绝对能力者（Level6），实际绝对能力者只是理论上存在进化为Level6的可能，暂时却并未发现成功进化成为Level6的超能力者。
……
7月24日。
今天的学园都市有些不平静。
而不平静的中心之一来源于一则都市传说——「幻想御手」。
幻想御手(LevelUpper)是都市传说中可以提升能力等级的音乐，以音频文件形式在网络上传播，听音乐能够提升超能力等级。
但是，这则都市传说好像并非是简单的传说。
当陆续有超能力者因为神秘原因失去意识之后，有关幻想御手的事情就开始逐渐暴露，并且出现在了“风纪委员”的桌面上。
风纪委员(Judgment)是维持学园都市治安的机构，其职责是护学校系统内的和平与秩序，也有地域的美化活动，必要时的交通管理等。
由于都市内大部分人都是学生，风纪委员的任务是抓住那些滥用其能力的不法分子或其它罪犯，以及保护学生。当遇到风纪委员不能处理的情况时，他们的上级、城市的治安部队以及警备员将会接管。
风纪委员更像是兼职的平民，巡逻人员都佩戴印有绿色盾牌的臂章做为标识。
并不是超能力较高的人才能成为风纪委员，基本上，如果有在风纪委员工作中有擅长利用的能力，也有机会成为风纪委员。
而有关幻想御手的事情，被认为是一起利用超能力者的犯罪活动。
不过，随着被波及到的学生的数量不断增加，范围不断扩大，这件事已经被移交给了警备队。
此时，有关幻想御手事件的嫌疑目标已经被确定——学园都市的大脑生理学专家，专攻领域是大脑生理学和AIM扩散力场，隶属于AIM解析研究所的——木山春生。
随着调查，有关幻想御手的真相也被逐渐解析。
幻想御手其实是连接许多AIM力场（超能力者在无意识之间向全方位释放出的微弱力量形成的力场）形成的网络叠加能力。其真实面目是通过使用人类大脑作为演算器的程序。
为了解救所有被波及的学生，此时正在展开一场针对木山春生的追捕。
但是，事情却没有那么顺利。
木山春生竟然展现出了多种超能力，并且都有不俗的力量！
这也使得负责抓捕木山春生的警备队只能暂避锋芒。
不过，在这个时候，学园都市中仅有七名的Level5中排名第三位，学园都市最强“电击使”御坂美琴竟然加入了战场。
在御坂美琴的一阵猛如虎的操作和木山春生对于科学研究的痛斥中……幻想御手的网络失控了。
简单来说，就是玩脱了。
一个模样……一言难尽的奇特存在从木山春生的身上浮现。
这个生物是通过幻想御手构筑的网络所聚集的一万人的AIM扩散力场为媒介所产生的潜在意识的怪物，也就是一万名幻想御手使用者思想的结合体。网络受网络核心的木山春生感情的影响而脱离了木山春生控制，因此，暂且可以把这个生物称为“幻想猛兽”。
警备队也第一时间掉转枪口，开始和逐渐成长变大的幻想猛**战。
但是幻想猛兽能够汲取学园都市中的AIM扩散力场实现成长，本身也拥有已经构建起来的网络，因此，无论幻想猛兽的肉体受到何等损伤都能够不断再生并增殖变大。