受困于星际能源战争的有机青年不愿接受这种被战争逐渐逼疯的生活，在踏入自灭者的道路之前先一步踏入了开拓的旅途，游走在银河之中试图寻找能够证明自己的事物。
多年之后，钢铁星之上，这名认知遭受阻碍的有机生命体得出了确定的答复。
一切就像是多年前的重演，一位有机生命再次触动了反有机方程，他在它坟前演算了5368次，没有一次出错。
于是不好的念头在他体内翻涌，这个念头并不操纵他的头脑，转而操纵起他的四肢，将之当做一名无思无想的有机生命。
本就模糊的界限在此刻被突破，这位有机生命忽而觉得所谓的有机生命不过是经由细胞伪造出来的有机机器，唯有他挣脱了设计好的程序，成为了“自由之人”。
于是，不好的念头不再操纵他的四肢，转而刻录在这名有机生物的底层逻辑之中。
于是，他/它悲伤地说道：“我要杀掉这些悲哀的有机生命。”
于是，鲁伯特二世诞生了。
与鲁伯特一世被计算的命运不同，于血锦之纪期间，智识星神博识尊中断了对宇宙奥秘的运算。
鲁伯特二世的诞生，并不在博识尊的时刻之中。
鲁珀特二世声称自己继承了鲁珀特的记忆，随之展开了席卷寰宇的第二次帝皇战争。
反有机方程再启动，扩散而出，再一次地席卷银河半数文明。
然而，令人意外的是，因为星际能源战争打得太狠，第二次帝皇战争最先接触的，是那些因黑影王国约束，幸存下来的新生文明。
至于那些汲取其他文明科技成长的文明，反有机方程虽在第一时间造成了文明的大量损伤，但远还没到绝户的地步。
即使帝皇战争十分惨烈，但从时间的尺度来看，无论是第一次帝皇战争亦或是第二次帝皇战争所造成的杀戮，远远不如有机生命文明之间产生的星际能源战争来得多。
但血腥的程度并不意味着灾难的程度。
鲁珀特二世意识到仅靠反有机方程，已然无法对有机生命世界造成毁灭性打击，因此他将鲁伯特一世制造的鲁珀特帝国差分机投入战场。
任何与鲁珀特帝国差分机结合的装置都会遭受反有机方程的入侵，即使是一台普通的电冰箱，也将会在反有机方程的改造下化作杀人的利器。
随着鲁珀特帝国差分机投入战场，无数抵挡住钢铁军团的文明，防线被顷刻瓦解，摧枯拉朽般摧毁了无数个高等文明世界。
而随着鲁珀特帝国差分机所占领下来的星球越来越多，能支配的资源越来越多，鲁珀特二世用钢铁军团那恐怖的基建能力，制造出了无数台天体级计算干涉装置。
借由这些拥有难以言说级别算力的恐怖装置，鲁珀特二世事无巨细地调整着战场上的一切，这使得他的钢铁军团几乎战无不胜。
人们再一次意识到了帝皇战争的恐怖。
同一时间，鲁珀特帝国差分机在战争中不断提升自身的算力和决策机能，直至第二次帝皇战争结束的那一刻，隐隐有成为第三代帝皇的倾向。
而后于血锦之纪诞生，借由星际能源战争壮大自身的文明，就像当初毁灭其他文明的报应一般，毁灭在自身所拥有的科技之下。
就连行走于有机生命世界边陲地带的仙舟也受到了反有机方程的影响。
金人本质上也是智械的一种，属于无机生命，这群铁家伙在赢翡保卫战中不容小觑，却也是仙舟文明的最大隐患。
包括罗浮、曜青、方壶、朱明、虚陵、玉阙、岱舆、圆峤、苍城在内的八座仙舟遭受金人叛乱，无数仙舟人死在这场战争之中。
未曾遭受过第一次帝皇战争恐怖的仙舟，并未对金人过多防范，甚至将舰船控制权都交由金人掌管。
因而当金人叛乱发生时，八座仙舟，将近五分之三的人口葬身在金人强横的武力之下。
同一时期的岚，正在处理无数星球上因反有机方程暴走的机械。
黑影军团能够对付小巧的器械，但除此之外还存在着筑城者巨人般巨大的建筑机械，巨大的体形、优秀的质量成为了他们最好的武器。
当它们被反有机方程感染，武器受限的黑影兵团难以在短时间内处理，战况一直持续到丰饶军团中的器兽与兽舰加入到战场，才勉强控制住了战况。
岚必须保护好黑影王国领地内的星球原住民，因而当他意识到仙舟上金人叛乱的时候，九座仙舟已然有无数人葬身金人之手。
岚苦痛于未能很好地遵守与始皇的约定，又庆幸于罔两仙舟并未因此遭受太大损害。