经过简单的侦查后，林远清和王祥雨受了台湾军的刺激，决定直接兵分三路，有海军掩护，陆军分别在山北、中山、南山登陆，之后海军负责封锁海路，防止倭国败兵逃跑，如果他们逃到海上藏匿，袭击商路就不好了，也是防止他们逃回鹿儿岛向岛津家报信。
三岛是琉球的主要组成部分，大部分人口和官衙、前国都都在三山岛，所以这是重点进攻目标；
萨摩藩留守的船队没有什么大船，在说就是倭国主要的水师，也都是一些小船，他们的造船业并不发达；面对福建海军的5000料战船和四级风帆战舰，那真是还没靠近就被火炮刚给击沉了，整个战斗就是一面倒的局势，刚刚接触没有每多长时间，倭国船只被全部击沉。
战舰开始对着岸上的炮台和倭国军队进行炮击，同时运兵船放下一些小船开始抢滩登陆，面多福建军强悍的火力，岛上的岛津家兵马不是有岛津家将镇守，恐怕已经崩溃了。
随着陆军的陆续登陆，开始向岛内快速推进。
林远清和王祥雨进攻的是那霸港，因为这里是琉球王国的首都，萨摩藩在琉球主要的驻兵地，岛津家桦山久高为总大将、平田增宗为副大将的300武士和2700兵士。
此二人就是当时进攻琉球王国的主将，后来俘虏了琉球国王尚宁，尚宁被带到了鹿儿岛逼迫签下“掟十五条”，同时要求琉球尚宁王出具誓约，确定了琉球为萨摩之“附庸”。
后来尚宁死后，其继子尚丰因年幼被拥立为新王。
桦山久高是岛津家有名的家将，作战顽强，手下的武士也多是心狠手辣之辈，所以抵抗非常的坚决，一度使林远清的攻击受挫；
林远清看着进展缓慢的攻势，马上命令传信兵去催促运送火炮，本来还想多抓点俘虏的，既然这么不知好歹，那么就给他们的厉害看看。
现在那霸港口已经完全被福建军控制了，随着林远清的命令，陆军的6磅和12磅炮很快被带来上来，林远清立即命令向倭国军队发起炮击。
随着火炮的轰击，很快倭国的防线就被撕开了几道口子；福建军开始冲锋，一波冲锋直接就使得岛津家军队全线崩溃，这也是燧发枪的优势太大了，不但射程远，射击的速度也比较快；岛津家的军队也装备了一部分的火铳，但是差距有点太大了。
大批的岛津家士兵开始投降，剩余的一些顽固抵抗的都被射杀，最后桦山久高被俘，副将平田增宗战乱中被射杀。
林远清带领大军攻进首里城，琉球国王尚丰带领大臣出应，
“参见天使，多谢天使带领天兵驱逐倭寇，坏我琉球安定，”
林远清看着身前迎出来的琉球国王及国内大臣，说
“琉球王客气了，我等奉总兵大人的命令剿灭倭寇，还琉球一个朗朗乾坤，要谢那也是谢我家总兵大人”
琉球王尚丰客气的说
“劳烦这位将军告知，你说的总兵大人是哪位，我也好向天朝皇帝陛下奏请感恩”
“我家大人就是现任朝廷的福建总兵黄煜黄大人，收到我们的报捷信，过段时间应该就会来首里城，如果琉球王要谢到时当面谢我家大人吧”
“好，这位将军这边请，我已经安排人备下了酒席，给将军好好的庆功，也给咱们的天兵准备了酒肉，”
最后林远清没有拒绝琉球王的邀请，也是为了让琉球一众人放心，好配合黄煜接掌琉球的计划，这对于下一步进攻倭国能有一个稳固的后方基地很重要。但是饭是吃了，酒却没有喝，带兵在外处于战争期间军规是不能喝酒的，虽然他是领军大将也不能违背。
士兵们经过一上午的战斗也需要休息，刚好可以吃点饭休息一下，虽然倭寇的主力已经被剿灭了，但是还是有少部逃走了，所以需要进行清理一遍，省的留下祸乱百姓。
林远清和琉球王尚丰吃饭时，提出已经有一路兵马去收回奄美诸岛了，很快整个琉球就能全部收回，把倭寇全部剿灭，并且之后准备对倭国本土发起进攻。
尚丰非常吃惊，大明的水师好像不是太强，以前倭寇就常常袭扰大明沿海，现在怎么突然变强了，不但原来琉球剿灭倭寇，更是要进攻倭国。虽然想不明白但是依然很高兴，要是真能把倭国打服帖了，以后琉球就安全了，
“林将军，既然天兵要攻打倭国，那我们琉球做些什么，我们也希望能出一份力”
林远清给他提到这件事，就是想让琉球国王提供一些帮助的
“国王真是有心了，也不枉我们走这一遭；既然如此还真有点事需要你的帮助，”