宇宙文明联盟在经历了与联军的惨烈战争后，进入了一段休养生息的时期。各星球纷纷投入资源重建家园，修复被战火摧毁的城市与设施。科研团队在艾莉丝的带领下，全力研究如何防范类似的能量武器威胁，并进一步优化联盟的防御体系。
然而，宇宙的神秘远超想象。在联盟边缘的一次常规探索任务中，一支科考队意外发现了一处古老的星际遗迹。这座遗迹与以往所见的文明遗迹不同，它散发着一种奇异的、能干扰电子设备和能量波动的场域。遗迹的建筑风格古老而庄重，墙壁上刻满了精细复杂、难以解读的符号和图案，似乎在诉说着一段被岁月尘封的历史。
艾莉丝得知消息后，立刻带领专家团队前往遗迹进行考察。当他们深入遗迹内部，发现了一些令人震惊的线索。这些线索暗示着在宇宙的早期，存在着一个高度发达且神秘的超级文明，这个文明掌握的科技远超联盟现今的水平，甚至可能对宇宙的基本法则有着深刻的理解和运用能力。
遗迹中还隐藏着一个巨大的信息储存装置，但由于年代久远和未知能量的侵蚀，装置部分损坏，数据解读工作困难重重。艾莉丝和团队成员们日夜奋战，尝试运用各种先进的技术手段修复和解读数据。在这个过程中，他们逐渐揭开了一个关于宇宙能量起源的惊天秘密。
原来，宇宙中的所有能量，包括联盟新发现和研究的能量形式，都源自于一种被称为“原初之力”的神秘能量源。这个“原初之力”在宇宙诞生之初便存在，它是宇宙万物生长、演化和发展的根本动力。而曾经的那个超级文明，似乎找到了一种能够直接汲取和操控“原初之力”的方法，但也正是这种强大的力量，最终导致了他们的覆灭。
随着研究的深入，艾莉丝意识到，这个发现对于联盟来说既是机遇也是挑战。如果能够掌握“原初之力”的奥秘，联盟将有可能突破现有的科技瓶颈，实现文明的飞跃式发展。但一旦处理不当，也可能引发无法控制的灾难，重蹈超级文明的覆辙。
联盟议会在听取了艾莉丝的报告后，经过激烈的讨论，决定谨慎地开展对“原初之力”的研究工作。艾莉丝挑选了联盟中最优秀、最可靠的科学家，组成了一支秘密研究小组，并在一个偏远且经过特殊防护的星球上建立了研究基地，以防止能量泄漏和外部势力的干扰。
研究工作进展缓慢且充满危险。每一次尝试接触和解析“原初之力”的样本，都会引发强烈的能量反应，对实验设备造成严重破坏，甚至危及研究人员的生命安全。但艾莉丝和她的团队并没有放弃，他们不断改进实验方法和防护措施，逐步积累着对“原初之力”的认识和理解。
与此同时，联盟内部的一些不稳定因素也逐渐浮现。部分文明在战后的重建过程中，由于资源分配不均和发展不平衡的问题，开始产生抱怨和不满情绪。一些激进的势力试图通过政治手段夺取更多的资源和权力，这给联盟的内部团结带来了威胁。
艾莉丝不得不暂时放下手中的研究工作，投身于调解联盟内部矛盾的事务中。她穿梭于各个文明之间，组织召开和平谈判会议，倡导大家以大局为重，共同分享资源和合作发展。在她的努力下，一些矛盾得到了缓解，但仍有部分深层次的问题亟待解决。
在外部，一些残余的联军势力和星际海盗趁着联盟内部动荡之机，频繁发动小规模的袭击和骚扰行动。他们抢夺联盟的物资运输船，破坏边境的通讯设施，试图削弱联盟的实力和影响力。联盟的防御部队不得不加强巡逻和警戒，与这些敌人展开了一场持久的游击战。