以上所有原因综合起来，就形成了木叶村表面勤政爱民（三代为代表的和平派），实际为了阶级利益大力发展邪道科技（团藏为代表的保守派）并阻碍民用科学发展，造成了忍者高层科技逆天，社会科技落后，总的来说忍术能力仍大于科技的奇特社会现象。也就是题主说的，看起来很穷。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
说到忍界大战，晓和辉夜的出现可以说是完完全全超出各村忍者高层预料的，在大战中，不止木业，各村保守派作为村子的隐藏力量估计都和团藏的下场差不多，消耗得七七八八，剩下的人战后也是要么被村子的和平派感化，要么逃命（博人传班长一家就是典型），最后打倒晓和辉夜结束战争的人却是一批从小被和平派思想培养的忍者如鸣人等12小强，以及被和平派嘴遁感化的我爱罗等各村备选村长，于是战后各国保守派失势，其思想继承人就算偶有反抗，其能力（班长一家）和智商（弱智七刀众）都没法再阻止科技的扩散了。
于是到了博人传时期，由于科技的扩散，没有忍者天赋的普通人中出现了第一批以科技吸纳资本的资本家如雷门家族，和一帮不受高层压制的科学家（片助？名字记不清了就是给博人开发外挂那个）。忍者派和科技派的矛盾是基于生产力本质的不同产生，不可调解的。虽然目前为止博人传中科技派资产阶级还处于萌芽，但是从博人传一开始的博人长大后的那个片段可以看出，博人传中后期，科技派已经具有了相当的实力，各国大名为了制衡长期武力压制他们的忍者派所以联合了科技派及一部分非贵族忍者，对忍术派发动了剧烈打击。
然而其实本来这也不一定会导致忍村的灭亡，以火影的世界观看，最强大的肯定还是忍者派，如果团藏还在的话直接联合高层搞一波阶级清洗什么都解决了，然而博人传时期高层全是傻白甜的和平派，你说鸣人佐助这帮人打不赢大名联合科技派我是肯定不信的，他们八成是以某种不人道的威胁迫使这帮忍者白左就范，这时的博人，作为生长在左派贵族家庭的叛逆右派，会怎么表现就很让人期待了（并没有。
想不到一写写了这么多=。=以上脑洞都是胡扯，最靠谱的答案其实是岸本压根没想这么多，大家就看个乐就行了，友善讨论。。。。。。。。。。。
用现实的视角去考量一个虚构的世界，基于动漫情节去审视科技水平和现实比较？生产关系，资源分配去分析动漫的战争起因？那我真的跪了。
那为什么不用能量守恒，动量守恒，角动量守恒去分析一下火土水雷风遁，为什么不用热力学三定律，广义相对论，规范场，弦论去分析一下火影世界观？
还有说用忍术去发展生产力，促进工农业进步？
完全错了，因为这个世界观就是虚构的，根本不能用纯现实的视角去分析这个作品，如果能量不必守恒，源源不断，热力学第二定律不成立，永动机轰轰作业，人民都享受了，哪有资源分配问题？世界早就和平了，哪还需要去培养忍者？
核心问题是主题啊！是主要矛盾啊！
文学作品的所有元素服务于主题，核心是抓住主要矛盾，这是我高中语文老师说的一句话。
火影不是史书，不是纪录片，不是启示录，只是一部动漫，还想让它按照达芬奇的思路考虑所有的树枝生长规律用一篇论文作为指导画出一幅图中的一棵树再去创作吗，那可能地球毁灭也画不完，画出来也就是创世纪了。
优秀的作品抓住问题的主要矛盾做深入剖析，一些答主所说火影中战争的原因，难免会有逻辑上的不自洽，这我承认，但火影能够将许影射真实世界的情景在一个故事体系中串联，已经相当不容易了，这不是战争纪实，不要那么苛求动漫。