登基和大清洗期间，开始了军政整顿，首先当然是抓枪杆子，赵构南宋能立住主要就是重建了三衙禁军和财政体系，在这三个月中，首先以教导连为教官，首先把皇城司5000人操练了一遍。皇城司虽然负有情报刺探职能，但是编制是禁军，还是由最精锐的禁军组成，主要任务是皇宫安全。
之后是训练三衙禁军，按《碧血剑》世界阎应元整顿京营的办法，以要调防到前线为威胁，清退大部分混日子的无赖，又分别调到四川、荆湖和两淮前线部分，保留了大概四万还过得去的开始狠狠操练。整顿军纪是少不了的，岳家军的“冻死不拆屋、饿死不掳掠”是基本要求，还处理了一部分违纪官兵杀鸡儆猴，这其中就有夏贵。
夏贵在历史上前期对战蒙古还是有不少战果的，只是晚节不保，丁家州之战先是逃跑，后来干脆投降，不过这个世界十多年后他儿子是个超级二世祖，现在提前把他免职了，理由是现成的，鄂州之战他战败了，历史记载他就是害怕被追究责任丁家州才先逃的。这是对军队的敲打，不是追封了一大批有战功的先辈从此军队就可以为所欲为了。
还确立了一条法律，以后严禁罪犯充军，军队从良家子中选拔。对已经充入军中的罪犯一律清退，安排到修桥铺路开矿盖房需要劳动力的地方去。除非是立有战功的，才清除罪犯身份保留军籍，凡是参加过合州之战、鄂州之战的士兵一律视为有军功，就成了军中最后一批“前罪犯”，从此“贼配军”不仅不是耻辱，还成了有战功的荣誉证明。
教导连100人、皇城司选了200人，其中内侍禁军各半，尚书内省88名在编女官普及修炼全本《神足经》，严禁他们泄露外传，《神足经》只增长内力，强化身体素质，武功上太监女官修炼《葵花玉女经》和辟邪剑法，禁军练习《浩然正气诀》、修罗灭世刀和少林绝技龙爪手、大金刚拳加丐帮赶路轻功。
这第一批班底全部每人一瓶五宝花密酒，药酒积累最多是初版15年份和45年份的加强版，分别有1000多瓶和5000多瓶。增加功力的药酒和纯阳丹全军配发不可能，但是培养出一批亲信还是可以的，这不仅是福利，也是速成一批马上能干活的人。
之后是整顿经济，宋朝的纸币是世界金融史上划时代的发明，为了防伪刻印了精美的花纹和死刑的严厉处罚，并且有流通时限，过期作废，不过普通百姓还是难以分辨，就发明新版“宝钞”，规定以前的会子到期后成为唯一流通的纸币，用《碧血剑》世界获得万历后期发明适合古代的“饾版拱花”水印技术印制，防伪一目了然。
货币发行要稳定主要还是要有充足的准备金和货物，为此还专门穿越回《战狼2》世界，注册了一个贸易公司，干起了时空倒爷，把各个世界很容易获得的名贵木材、中药、水产之类卖掉，像黄花梨、紫檀木、红木家具、茶叶、各类玉石这些可以走拍卖流程，反正不急，购入白银、黄铜、粮食作为空间物资的后备。
整顿军器监，严厉处置了一批蛀虫，提拔经验丰富的工匠制造质量过硬的兵器、火器、盔甲，把黑火药最佳配方告诉了他们，这批人全部以三尸脑神丹控制，并且规定泄露出去按通敌灭满门，军工基地驻军守卫，进入需要验证身份，其他人打探消息以间谍论处。
另外一个亟待解决的问题就是贾似道发明的“公田法”，有些官员见贾似道靠山没了，想趁机攻击他废掉公田法，被沈飞狠狠训斥了一顿，处于大战中，前线将士在拼命抵挡鞑子，后方过安稳日子的人连点田产都不愿意出，称这些人“亡国大夫”，骂了个狗血淋头，还祭出了对土地的大杀器：全部官营。
公田法和打算法一个针对文官，一个针对武将，前者是官方发行纸币“购买”民间田产，虽然不至于像金元券，但是跌二十多倍是有的，打算法就是抓一批贪污的抄家，都是财政紧张逼出来的操作。除了贾似道自己献出了一万亩作样子，倒霉的基本上是中小地主。虽然贴补了财政，执行上的不公平引起叫苦连天，打算法整死了一批武将以外更是闹出了刘整投敌事件。
沈飞的办法是不动土地所有权，只是经营权全部官府强制收回，原来的所有者只等地土地产出分一笔红就行了，宋朝已经普及占城稻，加上各种新的高产粮食和经济作物种植下去，收获以后所有者分红不会比以前出租少。葛金芳从一些碑文统计宋代田租市场价格最高五成，这是连农具、耕牛都是出租者提供的租金，这些由承租者自理会更低，恐怕是明代三成差不多。
这其实是明末张献忠义子孙可望的“大西”政权在云南实行的营庄制，由官方充当经营土地的经理人，由退役的普及了“心意把”武功的前军人充当各地管庄，并且向农民传授“心意把”，农武合一，恢复农闲练兵的府兵制，提纯硝、硫、炭黑火药原料也交给官营农庄，定期由军器监收购配制成各种黑火药武器。