热闹了半个月，登州方向终于支撑不住，通州总兵、天津总兵 、关宁军共计七千人，在围剿登州叛军时，被孔有德等人击溃。山东半岛除了登州、莱州两城，全部被叛军攻占。
形势危急，崇祯皇帝终于坚持不住，由兵部发出调令，调汉阳军前去平叛。
孙元化的求援信早就发往了金州城，凌卫明一直以没有调令为由拒绝发兵，搞得孙元化还以为凌卫明在生自己收留江东军的气。
于是每天一封，搞得凌卫明烦闷不已，仔细了解过登州城防御情况，判断短期内并不会出什么事。也就不再理睬。
登州古城呈方形，城高池深，“周长十一里，面积八平方公里，城墙高3丈5尺，厚2丈”，外包砖石，内实泥土，外有护城河，城门四座，城门楼皆为三层檐。
城垣高大坚固难以攀援，守军还有-人。城防经营多年，登州城和水城互为犄角，城防设施完善，从红夷大炮、“神威大将军”炮到火铳、箭弩、滚木、礌石、桐油、火把一应俱全，指挥体系也很完整，存粮也比较充足。
凌卫明带领海州卫徐强一千人、盖州卫冯习一千人，乘坐水军大小船只一百五十艘，在夜间出发。于凌晨悄无声息地抵达登州外围。
叛军于两日前撤围，城中百姓被围月余，一开城门，进进出出的转移家产，收拢难民，极为繁忙。
凌卫明得知后大骂孙元化笨蛋：“真是个老实人啊，打仗还心疼百姓，要是进来些许细作，看你如何应对？”
及至下午，城上发起警报声，急忙关闭城门，叛军已经兵临城下。
孔有德早就派遣数百人装成难民进城，内有耿仲明与都司陈光福及杜承功、曹德纯、吴进兴等十五人为内应。
在登州城内，混乱如汹涌潮水般蔓延开来。叛军的内应隐匿于难民之中，突然扯着嗓子高呼：“叛军进城了，快跑呀！”
那声音瞬间划破了原本紧张压抑的空气。难民们本就惊弓之鸟，闻此呼喊，恐慌如瘟疫般迅速传播，他们像没头的苍蝇般四处躲藏，慌乱中与迎面而来的支援兵力猛烈相撞。
支援的官兵们被这突如其来的人潮冲击得阵脚大乱，队伍瞬间被冲散得七零八落。
此时，内应趁乱掏出火铳，“砰砰砰”地朝着天空开枪。官兵们望着城内上千难民，个个面露难色，手中虽握着武器，却因投鼠忌器而不知所措。
内应们瞅准时机，迅速靠近城门，与守军展开了激烈厮杀。杀散了守军后，众人齐心协力，将沉重的城门缓缓拉开。
孔有德率领骑兵，突入城内，与守军展开了殊死的搏杀。
孙元化那精锐的火器部队虽拼死抵抗，然而叛军人数众多，他们渐渐寡不敌众。战场上硝烟弥漫，喊杀声震天动地，火器部队的士兵们一个个倒下，大部被杀。
葡萄牙教官们也深陷绝境，他们奋勇作战，最终战死 12 人，重伤 15 人，其余皆被俘虏。
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