当李元利正在轰轰烈烈地练兵、屯田、建设时，四川的形势又发生了巨大的变化。
在这之前，大西军孙可望已经离开云南并占领了贵州全境，派刘文秀所部已经基本上平定了四川，社会生产也在逐步恢复，这种情况下，满清朝廷在给吴三桂颁发平西王金册金印的同一天，即顺治八年（1651年）九月八日，同时向他发布了出征四川的命令。
这次的皇帝诏令，给了吴三桂比以往更大的权力，把地方的军事大权都交他掌管，授予他奖惩、生杀大权，不得不说，此时才年方十三岁的满清小皇帝顺治，已经具有了很厉害的战略眼光和胆识，但很有可能是投靠清廷的汉臣献计。
此时的四川虽然连年遭受兵灾，但人口却还剩下不少，如果等刘文秀在四川站稳脚跟，只要过上两三年，必定是兵多粮足，清廷要想一统天下，绝对要付出更多的代价。
刘文秀这一次进川，把原来盘踞在川中割据自雄的各路流贼、明军残余武装以及地方豪强武装都一一消灭或者收编，并且在各地分派官员，招抚百姓，恢复生产。
就在这个时候，吴三桂来了！
顺治九年（1652年）二月，刚刚开春，平西王吴三桂与定西将军墨尔根侍卫李国翰率部自汉中发兵，分东西两路入川，吴三桂部翻越大巴山，经剑门关直逼保宁。
吴三桂所部的关宁骑兵，其实就是他手下三千家丁为主力的一支军队，耗费了明朝廷大量的粮饷，却根本不听当时明廷的号令，而只听从将领们的命令。
关宁骑兵人员混杂，有辽东汉人，也有辽人、蒙古人，他们为一已私利而战，却始终不是当时后金兵的对手，驻守关宁时也只能消极防御，而从来不敢出关主动攻击。
就是这样一支骑兵，在明末能被称为最精锐的部队，号称能与后金的八旗军正面交锋。而吴三桂也凭借这支骑兵，在投降满清后为新主子立下汗马功劳。
这个年代的人，心目中根本没有什么国家和民族大义，有奶便是娘，他们能为主将或者自已的主家慷慨赴死，却在清兵来到的时候举手投降。
各部抗清武装，基本上可以归纳为三类，一是不堪压迫的。满清刚入关时，北方各省无论军民，投降得最快，清廷也适时地减免赋税，于是老百姓就满足了，老老实实地做顺民，但过了几年，他们发现照样要交纳赋税，照样要受地主、官府的剥削压迫，照样吃不饱、穿不暖，而且还成了奴才，他们成了二等人，一等人是满人！
这时候，他们才觉得其实明朝也不错，至少不用见了人就要跪在地上自称奴才，于是各地起义此起彼伏，但都只称得上是“疥癣之疾”，相继被清军轻易扑灭。
第二类是浑水摸鱼想投机的。比如强拉朱由榔去当皇帝的南明大臣，他们或许有一些效忠之心，但更多的是投机的心理：假如自已辅佐新皇复国成功，那就是有大功于国的复国功臣，能够名垂千古，要知道古时的文人就好这一口，宁死也要留名于世。到了后来发现即便死了也没有希望，他们马上就找个地方躲起来继续吟诗饮酒，对外自称“明朝遗老”，有的干脆直接躲进了清兵占领区，因为那边相对之下没有战乱，肯定要太平些。