严格来说，李旦还在进京的路上，他自登陆天津卫那一刻开始，米柱就知道了，李旦率领一支大船队而来，拉来五十万石粮食。
李旦这纵横四海的大海商大海盗，摇身一变，成为从三品的锦衣卫指挥同知之后，手下们那是鸡犬升天，他这指挥同知，不是虚衔，手底下掌有一海上镇抚司，理论上在海上，他们拥有极大的权力，凌驾于各地水师之上，算是当上了他的大海盗王了。
米柱招安，为他设计的方案是令李旦信服的，他这锦衣卫指挥同知，掌海上镇抚司事陆地有身份无执法权，但在海上，他是真正的大海王，作为回报，他交出了舰队，还有将收入二成五作为皇室金花银，这是一大笔银子，但这银子一交，有了合法身份，他们就不用怕随时让各地水师剿了，拿去砍头。
现在他们是皇帝的爪牙鹰犬，处处高人一等呢？飞鱼服往身上一套，谁人敢动他们。
招安之后，他们变成黑水舰队，可进驻各大军港，也是皇帝的私人武装，海上缉私的主力，除了缉私之外，往海外拉回来了大量的粮食，各大港口堆积如山，大大的化解了大明的粮食危机。
成为了皇帝的金牌打手，李旦十分得意，出入不再骑马，而是坐着八抬大桥，吹吹打打，呜啰开道，好不威风，他是收到了风，他将被任命为锦衣卫都指挥使之职，掌海上镇抚司事，他部门的职能扩大了，以前是海上北镇抚司，现在是镇抚司了，所以他们欢天喜地来接任。
李旦的出现，让米柱持锦衣卫的权力往海上延伸，这是以前，锦衣卫势力不到之地，现在填补了这一空白。
海上司的成立，原本是缉私、维护海疆安全、监督水师各部，偶尔为皇上走走私，赚点小钱什么的，现在好了，居然变成了运粮队，这一点谁也始料不及。
大明南方为产粮区，北方物产不足，常要靠南方运，所以要征运漕粮以弥补不足。
征运漕粮的省份有南直隶、浙江、江西、湖广、河南和山东六省，宣德时最高达六百七十四万石。这是个什么概念呢？1石米重量就是125斤，但石作为计量单位，标准是120斤(一石四钧，一钧30斤)，只是古代计量向来混乱，俗语十里不同音，计量单位根据时间、地点的不同，变数也很大，据说万历年间一石就合后来的188斤左右。
这些漕粮主要给驻守北京和东北、西北边疆的军队作为军饷。此外，还有所谓的白粮，岁额二十一万四千石，均系江南出产的白熟粳糯米，质量更好，由苏州、松江、常州、嘉兴和湖州五府供纳，主要用于供宫廷、宗人府及京官禄粮。
在明代，漕粮使用支运法。即在淮安、徐州、临清、德州等地设仓收囤。各地应缴纳的粮食就近运至四仓，再由运军分段接运至通州、北京。节节接运，故名支运。
这里有两个细节，其一，漕运不仅是官方承担的事儿，农民也可参与运粮，如参与运粮则免纳当年税粮；如果纳当年税粮则可免除运粮。相当于二选一。按当时计算，粮的比重约占支运的四五成；其二，运军从各仓支出的粮，不一定是该仓当年的进仓粮。仓里的粮食并非即收即放，而是一年压一年，使仓中总有存粮，以便稳定存量，保障供给。
另外一种是兑运发：宣德年间，支运法改为兑运法，江南漕粮诸仓，往返几一年，误农业。令漕至淮安、瓜洲，兑与卫所，官军运载至北，给与路费耗米，则军民两便。是为兑运。”即，各地漕粮先运至淮安和瓜洲，兑与运军转运。百姓不再全程参与运输，军运的费用则由农民承担。这样做的好处是，农民可以省出时间来从事耕种。
本朝初期承元之故，以海运为主，河、陆兼运为辅。一由江入海，经直沽口至通州，或径往辽东；一由江入淮、黄河，自阳武县陆运至卫辉府，再由卫河运至蓟州。江南漕运，则由江、淮运至京师南京。以承运者而言，海运为军运，其余都是漕运。
因为京师在此，漕运乃是维护京师和九边稳定，乃朝中重中之重，所以特设：置京畿都漕运司，后置漕运府总兵官。景泰二年又设漕运总督，品级为从一品或正二品。与总兵官同理漕政。漕运总督辖十二总，运军十二万七千六百人，运船一万一千七百只。
在地方上，以府佐、院道和科道官吏及县总书等（均为地方长官的副手）掌管本地与漕运有关事宜。
朝廷户部和漕府派出专门官员主持各地军、民粮船的监兑和押运事宜。州县以下由粮长负责征收和解运。粮长下设解户和运夫，专供运役。从上至下，密如蛛网，这构成了大明漕运的庞大体系，漕运等同大明帝国的输血管。
以前的李三才就是抚淮十三年的漕运总督，不怎么贪钱，也弄了几百万两银子。
在元代，武力强极一时，是海运为主，漕运为辅，至本朝，则改为漕主海副，倭患和风浪是一方面，主要还是开放海运获大利的是南方集团，会损害北方大家族的利益。被朝廷所禁止其次，华夏自古以天朝上国自居，以为外国的东西不如中原的好，不如中原的全面，没有交易的必要，所以漕运在大明兴旺到了极点。