李天华转而重点调查河南都司都指使覃恩成。
都指挥使是本朝“都指挥使司”的一把手，“都指挥使司”在明初期是省级长官，他的职责是管理省内卫所兵的后勤保障，日常训练等等事宜。都指挥使司隶属于五军都督府，听命于兵部，河南都司归中军都督府管辖。
总兵则是在战时由中央下派到战区指挥作战的总指挥。下派的总兵挂将军印兼领总兵官，战争状态结束后回中央，一般由勋贵或地方都督充任，他是一个职责称谓，并没有品级。
战争状态下，他的排兵布阵则是通过地方的都指挥使司来实现。可以说，在本朝初期，战时状态下，都指挥使听命于总兵，但在条线上并没有直接的从属，因为总兵没有对都指挥使的人事权及奖惩权。
总兵官成为镇守地方的最高军事长官后，改变了练兵将领不指挥作战，指挥作战的将领不管练兵的问题，有利提高军队的战斗力，形成事权专一的局面，但也存在着总兵称霸一方、拥兵自重的可能。
为维护中央集权，再有战争时，朝廷又要往下派员，称为巡抚，参与军队管理，削弱总兵官的权力。开始巡抚只为临时性的工作，后来才成定职，常驻地方。这样一来，不仅原来的都指挥使司、布政使司、按察使司要受其节制，就连总兵官也要听其指挥。
不过覃恩成的情况有些特别，他们家几代为官，都任职都指挥使，又与周王府关系密切，所以只手遮天，几任总兵，都让他们挤得没地方站，指挥不了兵，任免不了将，在河南卫、弘农卫、陈州卫、睢阳卫、宣武卫、信阳卫、彰德卫、南阳卫、怀庆卫、颍川卫、南阳中护卫，汝州卫十二个卫中，卫指挥使大多出自他的门生故吏，张续我名义上掌握了兵权，没有他的点头，很难指挥这些兵马，这种情况，在大明十六个都司中，都相当少见。
李天华第一个拿的就是这位名震一方的都司指挥使，不过他又放了几天，晾他几天再审，覃恩成表现得相当冷静，也没有主使他手下的家丁们闹事。
覃恩成手下可是有一千家丁，比之许多边关大将，都毫不逊色。
李天华亲自问话：“黄河缺口后，覃大人在干什么？”
覃恩成道：“本官知道黄河决口后，由张社保总兵率领河南中卫所、右卫所的人前去河堤上抢险，本官则率领另外三卫所和家丁寻找船只，前往决口的柳园口下游河段救人，当晚，事发突然，本官只是找到了一百多艘小船，加之河水又大又急，救的人有限，直至张大人他们堵住了决口后，情况才有所改观。”
李天华道：“也就是说，河防营属于你部搜救的区域？”
覃恩成道：“是的。”
李天华道：“在搜救的过程中，你们救了多少河防营的人？”
覃恩成道：“没有！”
李天华道：“丑中决口，你们是什么时侯才出发救人？”
覃恩成道：“集结部队，搜寻船只需要时间，我们在辰初（早上七点）出发，也就是两个半时辰后。”
李天华道：“也是堵住决口后的一个时辰后，你们有没有发现什么异常？”
覃恩成道：“有人，河防营没有活口，这不常见，应该有人逃出生天才对，而且过半的死者身上有刀伤，腹中无水，可以断定是被人杀死的。”
李天华道：“现在厂卫找到二千五百三十六具河防营士兵的尸体，其中一千四百三十六具是溺死的，一千一百具死于刀剑，可以断定，在丑中至辰初的两个半时辰中，有人袭击了河防营，在你们的眼皮子底下，覃大人认为是谁干的？”
覃恩成道：“本官不知，当时决堤，水流湍急，本官手中船只不足，并不敢贸然出手。”
李天华道：“在如此恶劣的环境下出击，应该是训练有素的精锐，人数不会低于二千，覃大人久掌河南，是不折不扣的地头蛇，你知道有谁可以做到？”
覃恩成道：“本官不敢妄自猜测。”这里面水极深，他怎么敢乱说话？
李天华道：“你不敢猜，本官就猜一猜吧？福王、周王、张巡抚、张总兵、还有覃大人你。”