不过接下来的水军头领分配中让宋江又满意了许多，梁山周围的八百里水泊这道天然屏障使得水军的地位非常重要，只要有他们在梁山的安全就可高枕无忧。
水军的配置和马军类似，采取主将副将固定搭配的方式，具体结果如下：
第一营：正将混江龙李俊，副将翻江蛟童威，出洞蜃童猛
第二营：正将活阎罗阮小七，副将立地太岁阮小二，短命二郎阮小五
第三营：正将船火儿张横，副将浪里白条张顺
其中临时负责人乃是混江龙李俊，这多少让宋江感觉挽回了些颜面，好歹马步水三军之中有一支算是掌握在他手里了。
此外还有一些特殊职位：
掌管机密军师二员：智多星吴用入云龙公孙胜
总探声息头领一员：神行太保戴宗
守护中军马军骁将二员：小温侯吕方赛仁贵郭盛——此二人名为守护中军，但由于晁盖和杜嘉都是武艺精熟之人，其实就是宋江的贴身保镖
定功赏罚军政司一员铁面孔目裴宣
行文走檄调兵遣将一员圣手书生萧让
考算钱粮支出纳入一员神算子蒋敬
专造一应兵符印信一员玉臂匠金大坚
专造一应旌旗袍袄一员通臂猿侯健
监筑一应城垣房屋一员白衣秀士王伦
这里面吴用和公孙胜的权力被大大压制了，尤其是吴用，以前杜嘉负责的时候他可以说是一人在下千人之上，所有一应事务他都有权过问并调度，但是现在他只能负责出谋划策，连半个头领都不能调动了，完全就是个高级参谋而已。
公孙胜本来就不是得失心太强之人也就罢了，但对吴用这个极其看重权力的人来说无疑是一种煎熬，他明知这是杜嘉故意打压他但也是毫无办法，要做墙头草两边摇摆自然是比较安全的，但是却没有一方真的拿你当自己人看待，古今中外莫不如此，他既然选择了在杜嘉和宋江的争斗中保持中立，那就必须要承担现在这个结果。
当然了，他毕竟是有才之人，无论将来谁取胜都要用他不可，只不过现在这个阶段吴大军师就只能憋屈一段时间了。
此外还有神行太保戴宗，他幼时曾遇到一个异人，传授他一手神行之术，只要腿上附上两个甲马就可以日行四百，四个甲马日行八百，堪比最好的汗血宝马，而且还不受地形限制，可以说是天赋异禀，无人能取代他的位置，他也是宋江的心腹。
值得一提的还有白衣秀士王伦，他之前在后勤方面也是一个重要角色，只是后来受了宋江的诱惑站出来公然支持宋江反对杜嘉，因此杜嘉也顺手给了他一个不轻的惩罚，让他在整个后勤体系众头领之中排名最后，宋江当然不会为他说话，反正那些得利的也是他的人，使得这小子暗中叫苦不迭，后悔莫及。
然后全山的四处酒店也做了安排，最重要最大的南山酒店是朱贵负责，北山李立，西山孙二娘张青夫妇，东山则由石将军石勇暂管。