现在的情况就是，有关藩属、朝贡的相关事务，分散在朝廷的各个衙门中，对于处理藩属事务是极为不利的，就以对于藩属的赏赐为例，就需要主客司与户部、内府等其他机构一起办理才行。
户部与内府是给赐物品的颁发机构，主客司是给赐的执行机构。在这些机构合作顺利的时候尚且无事，一旦大明的这些官僚机构扯起皮来，那就是旷日持久了，这种情况并不是没有出现过，所以朱载坖认为，要在朝廷专门设立一个部院机构，负责管理这些藩属事务。
对于朱载坖的意思，礼部表示反对，礼部反对的原因很简单，就是认为这样对侵夺礼部的权力，在礼部看来，一旦按照朱载坖的想法，设立专司负责管理藩属事务，那就等于实际剥夺了礼部管理外交的权力。
但是朱载坖认为并非如此，外交是外交，藩属是藩属，两码事情，礼部仍旧负责外交事务，但是将藩属的管理单独设立一个机构，朱载坖连名字都想好了，就叫理藩院，专门负责对这些藩属的管理。
就像朝鲜人自己说的，能做大明的狗就是最大的荣幸啊，不像有的狗跑来跑去都不知道他的主人是谁。既然是有主的狗，就得拴上链子，要不然万一被人家给当野狗打了怎么说理去。
朱载坖认为，管理藩属，事关重大，理藩院的品级也不能太低，与六部都察院一样为正二品衙门，关键的就是理藩院的执掌问题，主要是理藩院和礼部的职权区分问题。
朱载坖召集阁部重臣商量此事，礼部尚书赵贞吉对此是有些不满的，虽然朱载坖已经下达决心要设立理藩院了，但是赵贞吉还是认为可以争取一下，将理藩院变成礼部的一个下属机构，赵贞吉认为，理藩院所执掌的，本来就是之前礼部主客司的部分职能，即便是成立了理藩院，理藩院的很多事务也是和礼部分不开的。
这点倒是获得了朱载坖的部分赞同，理藩院和礼部确实是有密不可分的关系，但是朱载坖和赵贞吉的想法并不一样，朱载坖的意思是逐渐将礼部的外交职能向理藩院转移，最终将理藩院变成专门的外事衙门，所以朱载坖说道：“大宗伯的话确实是有些道理，理藩院和礼部，在很多事务上是有重合之处，两个衙门很多时候是要协同办公的，但是事涉藩属，还是要重其体例以示朝廷之重视。”
朱载坖认为，理藩院的长官以礼部尚书衔掌院事，同时和其他六部一样，下设两位侍郎协助掌院处理政务，其下是各司，负责处理具体政务，这才是重点，涉及到理藩院的具体执掌。
首先就是从其他衙门划转理藩院的部门，原属礼部的会同馆、还有主客司的部分人员、鸿胪寺等都要转隶理藩院，除此之外，就是理藩院本衙下设的各司，经过朱载坖和重臣们商量，理藩院下设稽勋司、宾客司、柔远司、理刑司，稽勋司负责颁授印信，管理这些藩属的王位、服色等。
宾客司负责接待藩属的使者的，柔远司负责制定对这些藩属的赏赐，理刑司负责处理这些藩属对大明不恭顺或者说背叛大明等行为。