朱载坖刚刚处理好大宁都司的事情，马芳的奏疏又到了朱载坖的案头。
这段时间以来，马芳派出侦骑，出塞侦察哈密等卫的情况，现在马芳将其侦察奏报朱载坖，马芳在奏疏中称：“西域牛羊驼马孳牧于斯，部落子女生育于斯，甘泉可饮，茂草堪刍，回视北塞， 别是一大漠光景也。盖大海以西至于大小盐池，又西北至于哈密、赤斤，又西南 乌思西藏，延袤数千里，广漠无际，野牛野马，易于打猎，而西藏之宝刀奇货、 氆氇皮革，服用所需种种，皆西海所有，而北塞所无也。”
西域比之草原，还是要繁盛的多，虽然之前的丝绸之路已经断绝了，但是这里依然是周边的各种商品的集散地，比之大漠要富饶的多，难怪连俺答这样的雄主也对西域、青海垂涎三尺。
俺答对于青海和西域早就有所图谋了，据马芳的奏报，尽管朱载坖已经警告过俺答，但是俺答仍未放弃对西海的经营，留其子丙兔驻牧西海，侄孙宾兔则占据甘肃北部的松山， 掌握由河套前往青海的战略要地。
马芳认为，蒙古觊觎青海、西域，对于甘肃镇来说，有腹背受敌的危险，马芳请求朱载坖立即决断，现在哈密、赤斤等关外屏障被土鲁番蚕食殆尽，嘉峪关外尽入敌手。在失去哈密等西北屏藩后，土鲁番胁裹诸卫残众数次寇扰甘肃镇，而蒙古人又进入西海，残破塞外四卫，成为新的边患，加上驻牧河套地区的蒙古本部，甘肃地区形成了三面临敌的局面。
马芳在奏疏中痛切陈词道：“故甘肃之忧，不在土鲁番，而南有亦卜剌，北有瓦剌，三面临敌，实难备御。”
更令方逢时、马芳忧虑的是，曾一度为敌的土鲁番与瓦剌却走向了联合，对大明的边防构成了严峻的挑战。
接替丁忧的刘焘出任三边总制的方逢时也向朱载坖上疏称：“吐鲁番强梗弗顺，自袭取哈密之后，一时瓜沙、赤斤、苦峪等番卫，或为彼附，或徙居甘肃， 而迤西藩屏已失。况今自肃州之西，越四川，直抵云南丽江皆西番，而防守之计 不可一日不讲也。况今北虏瓦剌住牧甘肃北山外，亦不刺徙居西海，蚕食诸番， 渐有并吞之势。识者恐其勾连深入，如前代吐谷浑之事，诚可虑也。”
现在甘肃镇的情况已经是十分严峻了，马芳的建议是收复哈密等卫，将青海的蒙古诸部和土默特蒙古先予以隔开，不能让俺答继续借征讨瓦剌为名，随意进出青海，同时就是对盘踞河套的套虏，要想办法予以打击。
朱载坖收到了方逢时和马芳的奏疏之后，当即召见了内阁辅臣和六部九卿商量马芳和方逢时的奏疏，对于甘肃镇面临的情况现在已经是不得不处理了，朱载坖首先问的就是兵部尚书霍冀，因为他不但是兵部尚书，还长期担任三边总制，对于甘肃镇的情况是十分了解的。
霍冀说道：“陛下，诸位，甘肃镇之危，非一日之事也，从哈密沦陷以来，甘肃、延绥等镇，就绵连套虏、海虏和西番的威胁，眼下与俺答封贡，套虏稍息，然海虏、西番互相勾连之势愈加明显，盖因俺答之故也。”
霍冀认为，青海的蒙古部落和吐鲁番的勾结主要是因为俺答的强势入侵，由于俺答和大明达成了封贡互市，俺答得以腾出手来向西扩张，而征服青海的瓦剌余部显然是俺答要做的当务之急，而青海的瓦剌余部为了保全自身，于是和西番勾结起来，对大明的甘肃镇构成了严峻的威胁。
朱载坖现在更加关心的事套虏的问题，现在盘踞在河套的是蒙古的鄂尔多斯万户，属于蒙古的左翼三万户之一，而俺答的土默特部是右翼三万户，和俺答并非一个部落，朱载坖认为如果能够夺回河套的话，对于大明巩固西北边疆是很有益处的，当年在嘉靖朝，就有人提出过复套的事情。