收到朱载坖申斥的上谕，孔尚贤赶紧上疏谢罪，同时对于朝廷将曲阜县令由孔家世袭改为朝廷流官表示不满，他在奏疏中称：“天下州县皆用流官，独曲阜用孔氏世职以宰此邑者，盖以大圣之子孙不使他人统摄之也。自国朝以来，世以孔氏子孙知县事，使奉承庙祀。”
他认为孔家世袭曲阜县令，已经是定制了，不应该予以废除，同时太祖的圣训来说事，洪武元年八月，太祖下诏称：“孔子阙里，常遣官致祭，其袭封衍圣公与所授曲阜知县，并如前代制。”
孔尚贤认为太祖都有明训，朱载坖应该遵守太祖的圣训。
孔尚贤的奏疏到了朱载坖的案头，朱载坖表示，历史文件不具备现实意义，而且朕之前才在上谕中说过，不许衍圣公随意上疏言及政务，结果你立马就言及政事，这是不把朕这个皇帝当回事啊。
朱载坖当即御批道：“朝廷崇以爵禄，号封至极，血食无穷。其子孙世享荣禄，复何望也？再三渎扰，其心殊不可问，着山东抚按等官会同锦衣亲军详查严审！”
朱载坖没有惯着孔尚贤，在朱载坖的御批下达之后，巡按山东御史韩楫就向朝廷上疏，声称衍圣公孔尚贤素行不法，孔家在山东等地侵吞隐没大量的田产，数量不下百万亩，对抗朝廷清丈田亩的国策，同时私设公堂，擅作威褔，请求予以严查。
韩楫是高拱的学生，自然是得到了高拱的指示，朱载坖并没有第一时间将此事处理，而是将韩楫的奏疏下三法司，要求三法司作出明确回复。
朝廷上下也开始就此事进行讨论了，但是朱载坖没功夫管这些事情，而是继续收紧对孔家的绞索，朱载坖下令，以朝廷从无与私人兵仗且圣人之所，岂可陈兵用武为由，革除衍圣公府兵司，将一应军器甲胄予以收缴。
原本衍圣公府中有兵农礼乐四司，其中兵司内设林庙百户一员，主管洒扫户役，掌林庙守卫，并置有武备，算是孔家的私兵，朱载坖当然不能容忍这种行为的发生，下诏予以废除，同时由朝廷派出锦衣亲军，负责保护圣人陵墓等。
而朝廷上下针对衍圣公的问题，也展开了讨论，主要是围绕的着两个方面，第一就是衍圣公和孔家所拥有的巨额土地问题，有些官员认为，祭祀圣人和厚待孔家，使得孔家应该拥有祭田等田产，但是也有部分官员认为，从汉到隋唐，对于孔家采取的都是有封爵而无胙土的方式，即在地位上尊崇，但是在经济上并没有什么特殊待遇。
当然和这个相比，更加重要的就是衍圣公的司法权问题，一部分官员们认为，衍圣公确实有一定的死法权，第一就是衍圣公作为族长，对于孔家内部的事务，是可以进行调解的，这也是大明所承认的，同时太祖有圣训在先：“衍圣公统摄宗姓，督率训励，申伤教规，使各凛守礼度，无玷圣门。如有轻犯国典，不守家规，恃强越分，朋比为非，轻者各自查处，重则据实指名参奏，依律正罪。”
也就是说，按照太祖的圣训，是赋予了孔家一定程度上的司法权的，尤其是对于孔家内部的宗族事务，是应该由衍圣公来处理的，所以衍圣公府受理案件并且处理并无不妥。