朱载坖在与臣子们商量之后，决定将三位提督全部召集到京师来，商量九边将领调换的事情。
这件事情是朱载坖早就想做的事情了，九边现在将帅僵化，越来越有将门的趋势，尤其是辽东将门、宣大将门和延绥将门，这种父子相继，在同一地长期担任总兵或者各级将领的位置，借机发展私兵，安插亲信，这些事情朱载坖早就知道，对于这种事情，朱载坖之前也是很清楚的。
等到戚继光、马芳、李成梁都赶到京师之后，朱载坖召见了他们，陪同朱载坖一起召见的还有内阁次辅高拱，吏部尚书杨博、兵部尚书霍冀。
朱载坖将自己的想法给三位提督们说了一下，居然得到了他们的支持，其实这个也很容易向，因为这次朱载坖也对三位提督进行了大调动，除了戚继光不动之外，马芳和李成梁都离开了自己原来的驻地，他们也希望通过调动，将一些自己手下用的得心应手的军官调来，好便于自己掌握部队。
虽然大明九边是营兵制，但是其中的很多军官仍然是出身于卫所的，可以说在大明，几乎绝大部分的军官都是出身于卫所的世袭军官，尤其是总兵以下的各级中小军官。
他们大部分都是坐地户，一家数代都在同一卫中任职，几乎就是世卿世禄，他也可以就此豢养家丁，盘剥士卒，即便是总兵、提督也很难将他们怎么样，因为大明在边镇实施的大小相制，内外相维的办法。使得无论是总督、提督还是巡抚、总兵，都很难专兵。
按照原有的制度，总督拥有数镇兵权，但他能直接指挥的只是总督标兵，对于其它部分军队只能通过总兵等将领来指挥，即总督指授方略，总兵亲驭兵马。总兵也是一样，总兵有权统率一镇的兵马，可以节制参将、游击等，但他亲自统领的只有下属标兵，对于其他军队的指挥则要通过参将、游击来实现。
对于麾下分守参将、游击等，总兵和提督只有节制之权，并无处分之重，当然这也是朝廷为了防止出现军阀的重要操作。但是到了现在，大批九边的中下级军官都是父子相继，数代经营，形成一个个大小不等的将门，在各自的地盘上活动。
朱载坖这次就是要破除这些所谓的将门，进行调防。
之前朱载坖就已经和杨博、霍冀等人商量过了，现在主要存在的就是三个大的地域性武将团体，一个就是辽东将门，这是由于他的地域特点所形成的，辽东苦寒，而且除了卫所之外别无州县，外镇的军官不愿调入辽东，辽东的军官们也就自然乐的就辽东生根发芽，世代承袭了。
一个就是山西将门，山西将门的形成主要是由于宣大山西三镇战事频仍，血战之下涌现出很多将门世家，他们父子兄弟同在军中奋战的大有人在，这种情况之下再加上近几十年和俺答的不断战事，山西将门人才辈出是很正常的。
而最后一个就是三边将门，它的形成兼有山西和辽东将门的特点，一方面西北也是环境恶劣，军镇众多，外地的军官们不愿调来，另一方面三边也是战事异常频繁的地方，最为着名的就是固原镇的麻家将，右玉籍武将共有83名，其中麻家将一门就有33人之多，占了总数的将近四成，这种将门的抬头，并不是什么好事。
所以朱载坖和杨博、霍冀等人商量之后，决定将辽东和三边的将领对调，而山西的将领，则主要和蓟镇、京营、亲军诸卫的将领对调，同时将新科的武进士们优先向辽东和三边分配。