同时朱载坖还要求潘季驯重视河南的河工，因为受黄河水患最严重的就是河南，水旱灾害是河南流民的主要成因，朱载坖要消除流民，河南的水旱灾害是朱载坖必须要重视起来的。
还有就是漕运的问题，现在每年完成四百万的漕粮运输都是极为困难的事情，朱载坖仔细查阅了嘉靖以来京通仓接收漕粮的数据，按照朝廷的规矩，每年缴纳到京通仓的漕粮和白粮一共应当是四百一十九万石，但是实际上能够运输到通州入库的粮食一般都没有达到这个数字，总是会略有减少。
少的的时候甚至会少于三百五十万石，朱载坖对于此事显然极为忧虑的，漕粮干系甚大，虽然朱载坖一直在通过海运的方式弥补，但是海运的漕粮是有其他用处的，现在漕运仍然是主要的运输方式，朱载坖要求潘季驯会同漕运总兵卢镗，务必督促运军，按时按量解运漕粮，减少路途上的损耗，同时提高运军待遇。
潘季驯赶紧领命，朱载坖对潘季驯说道：“潘总河，运河之重，淮泗百姓之安，祖陵风水之要，朕就都托付给潘总河了！”
潘季驯赶紧领命，同时朱载坖还赐予潘季驯银章，准许他有事密疏直奏。
在淮安待了快十天之后，朱载坖再次启程，返回京师，来的时候朱载坖没有注意运河，在回程的路上，朱载坖开始仔细观察这条大明的大动脉。
同时漕运总兵卢镗亲自带兵护卫朱载坖，并且一路上向朱载坖讲解运河的状况。漕粮运输的漕船有一万两千艘，船只使用年龄为5-10年，每年需要补充2000艘新船。在临清、南京和清江浦设有造船厂，每年仅是修造漕船的开支就是一笔不菲的费用。
过了徐州以北，运河水量相对充沛，不需要牵引，若是遇到天气大旱的时候，各地的官府要征发大量的民夫，用以拖曳漕船，为了这每年四百万的漕粮，大明可谓是费尽了心力。
所以朱载坖在船上对诸位重臣说道：“漕粮解运之后，务必要妥善保存，不允许有盗卖漕粮的事情发生，这些都是民脂民膏啊！不仅是东南百姓的民脂民膏，也是运河两岸百姓的民脂民膏！”
为了解运这四百一十九万漕粮和白粮，朝廷要向东南各州县征收本色八百二十万石，方能解运京师四百一十九万石，这些漕粮对于大明来说，是极为金贵的，所以朱载坖责成马森，一定要看好京通仓。
在历经五个月的南巡之后，朱载坖终于回到了京师，留守京师的内阁首辅李春芳奉监国太子朱翊釴之命，亲自到通州恭迎圣驾，朱载坖下船之后首先发布命令，护驾官军人给银一两、布一匹，已做赏赐。
李春芳等人请朱载坖立即回宫，因为很多事情还需要处理，但是朱载坖选择把陈贵妃送回宫内之后就在通州休整一夜，同时召练兵总理大臣戚继光赴通州陛见。
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