京通仓的储粮被盗卖近四百万石，这事可不是小事，在朱载坖的严令之下，三法司和厂卫开始严审涉案的这些人员，要求他们退出赃款，朱载坖可没有这个耐心，直接下令将涉案的小吏、奸商、官员全部抄家，男丁遣戍，女的送教坊司，他们是太平日子过久了，不知道厂卫是干什么吃的了。
当然也有部分官员认为朱载坖这次诛戮太过，上疏劝谏朱载坖，认为圣君治国，应以仁恕为本，要求朱载坖对这些人予以宽大处理，对于这些奏疏，朱载坖只是御批了一句，卿当太祖成祖时上此疏也！
有种你在朱重八和朱老四在位的时候去说这件事，看他们赏不赏你。
不仅如此，朱载坖很清楚，他们贪墨的远远不止四百万石的储粮，历年以来他们贪墨之数，不知道是多少倍于四百万石，不仅仅如此，仓场中的一些弊端也在严查之下被暴露出来。
在整个漕运的过程中，受盘剥最重的就是运军，运军到达张家湾时，当地太监则强行给予他们布囊，让他们装米运 上太监所造的剥船剥运粮食，并趁机索要钱财。在各闸坝剥运时，因有经纪把持，如果不交纳足够的钱财，则故意拖延刁难。在京通二仓，从官吏直到军斗诸役，留难需索，蠡弊多端。
在这种情况下，运军大量逃亡，漕运难以为继，各地漕运官军起运漕粮抵达京通后，饱受各级官吏的勒索，不得不穷其所有甚至借债，以满足贪官污吏的苛剥从而完成漕运任务，大量的军士因此破产逃亡。
根据王国光等人的调查，运军缴纳漕粮，有部司之投批，有科道之挂号，有仓库之候收，各衙门逐一送验，胥吏需索百端，守候常至半月。仓场附近还有大量被这些小吏豢养的流氓，他们三五成群，专恃仓场收放，以为营生，号为楼扒，或称为光棍，或作为小脚等项名色，出入仓场，势如狼虎，榨取人财。是以收放之际，被其搅扰。
朱载坖这次整顿仓场，连他们也一道抓捕了，朱载坖下令，其中民愤大，恶行深的，就地正法，其余的这些流氓，一律罚作苦役，去疏浚通惠河，保证京通仓漕粮的运输。
当然，朱载坖在大刀阔斧的整顿仓场的时候，这帮人也不会坐以待毙的，不少漏网之鱼开始在京城散布谣言，说朝廷已经无米发给京营士卒了，说京通仓是空的，一时之间流言四起，京城米价陡然上涨。
面对这种形势，朱载坖一方面严令锦衣卫、五城兵马司在京城缉拿造谣生事的人，一方面从京通仓调运粮食，出粟平价，以纾民急，同时朱载坖还派人与李朝观等人沟通，要求京师的粮商不准随意涨价，作为回报，朱载坖会增加今岁开中盐引的数额，在多种手段之下，尽管这次引发了一些波澜，但是很快就被压下去了。
而经过厂卫的三法司的审理，此案也很快告一段落，在朱载坖要求严厉追赃的指示下，这次仓场弊案的追赃数字创下了大明的记录，厂卫抄家达到五百余家，籍没的财产折合银两高达二百二十万两，还有从这些不法粮商手中追缴的储粮一百九十万石。