康熙十七年出兵南疆，占领叶尔羌汗国；康熙二十七年（1688年），葛尔丹又突然率兵越过杭爱山（古称燕然山），大举进攻土谢图汗，迫使喀尔喀蒙古诸部向南迁移。
康熙二十九年（1690年），噶尔丹又率大军进攻漠北喀尔喀蒙古，这一下可逼得康熙不得不出手还击了。
这时的清朝，已经从被三藩之乱折腾得半死中逐渐恢复了元气，又通过两次雅克萨之战，于康熙二十八年与沙俄签订了中俄《尼布楚条约》，划定了中俄东段边界。
暂时平息了与罗刹国的纷争，终于可以腾出手来对付噶尔丹了，于是就有了自康熙二十九年开始的三次亲征漠北。
这仗断断续续，前后打了近七年，前两次大战沉重的打击了噶尔丹的统治地位，康熙三十六年（1697年）二月，康熙第三次带兵渡过黄河亲征。
这时，噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦趁着后方空虚，占领了噶尔丹的根据地伊犁，并且夺取了他控制下的哈密，切断了他的退路。
消息传到了前线，噶尔丹军中人心大乱，部属们纷纷投降，噶尔丹众叛亲离，兵败流窜一年后，在走投无路之下服毒自尽。
康熙三次亲征噶尔丹，并没有清朝自己宣扬的那么辉煌，充其量只是打了几次自卫反击战，成功阻止了准噶尔的东进，将被夺走的喀尔喀蒙古重新并入了版图，没有攻占漠西卫拉特蒙古的一寸土地。
康熙三十七年九月，策妄阿拉布坦遣使清朝，献上噶尔丹的尸体并向清朝臣服，继任了准噶尔部的台吉。
康熙五十六年（1717年），策妄阿拉布坦在伊犁河北岸建固勒扎都纲（金顶寺），所以后来清朝称这个地方为固勒扎（今新疆伊犁自治州首府伊宁市）。
在策妄阿拉布坦的统治下，准噶尔部又逐渐的强大起来，再一次走上了反叛的道路。
康熙五十六年准噶尔出兵西藏，攻占了拉萨，康熙五十七年清廷出兵自青海入藏平叛，这一对老冤家又开始了断断续续，旷日持久的战争。
雍正五年（1727年），策妄阿拉布坦死，其子噶尔丹策零即位。
自雍正七年开始，清朝又数次派军征讨准噶尔，前后又打了几年，双方互有胜负。
雍正十二年（1734年），噶尔丹策零向清廷请和，雍正也属实是有些打不动了，于是双方罢兵议和。
雍正十三年清朝与准噶尔汗国签订和约，约定以漠北杭爱山为界，以东属大清，以西属准噶尔。
雍正与他爹康熙一样，也只不过是打了数年的自卫还击战，最后在一份没有取得胜利的和约上签了字。
与清朝签约停战后，准噶尔并没有停止扩张的步伐，又向西部、北部开疆拓土，不断发展壮大。
至今已经拥有人口五百余万，军队三十万，控制着南疆、北疆、蒙古高原西部、哈萨克汗国（今哈萨克斯坦）、浩罕汗国（今乌兹别克斯坦）等大片疆域。
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